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574384607

银虫 (小有名气)

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[交流] 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件

。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后

？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]

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1楼 2010-06-21 09:54:38

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+6):谢谢 2010-06-27 20:15:14

先学结构/统热, 再看MD 原理
namd 的ug 要打印下来从头到尾精读3+遍
软件操作和原理可以对照着看

上手namd 时候, 先看namd-tutorial 的附录
再找几个和自己体系有关的tutorial, 通一遍
尤其注意各个文件的内容

接着试着做自己的体系
不要一上来就搞全搞大搞复杂
搞溶液的先把纯水模拟熟练, 搞膜蛋白的先把纯膜模拟熟练
MDer 更像是作坊的操作工, 不同人会做出不同的结果 --- 经验决定
磨刀不误砍柴工
否则等发现MD run 完了, 数据分析完了
甚至文章投出去时候才发现模拟有个问题, 耽误的时间更多

我从初学MD 到正式做自己的课题用了8 个月时间, 自认为这是算快的了
你们用了多久呢