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【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗 已有3人参与
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我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。 我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件  。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ] |
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+6):谢谢 2010-06-22 20:28:30
574384607(金币+20):太佩服你了，版主 2010-06-22 20:53:06
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这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊 ====== 用的是vmd 的nanotube builder 自己也能写SWNT 的坐标, 但已有现成的工具就用这个了 要生成封口SWNT 的也请找我 应该一样的用吧，你没听说过没有可以直接通过pdb导成psf的吗 ===== 没有+没有+末尾可能缺失的"?", 没看懂什么意思 psf 就是从pdb 导出的 只是nanotube builder 没有键连信息, 所以不能得到正确的psf pdb-->psf 需要psfgen 这个工具, 在我的脚本中用的就是这个 你这样做的话，我觉得你确实很有水平 ====== 小弟不才, 去年这时已是namd+vmd 的掌门了 但是初始构型就不如用可视化软件调整方便啦 1。我想问问，我自己理解调整初始构型只是调整的pdb文件里的坐标，应该对psf没影响吧，psf文件仍然能够用吧？ ====== 得到psf 之后, 坐标就可以随便折腾了 psf 存储的是模拟中不变的信息, 体系不变psf 就不变, 和构象调整无关 2.我想生物分子与纳米管作用的话，是不是应该怎样建初始构型啊？是不是应该把生物分子和纳米管的pdb坐标文件粘贴到一块就行啊，把psf分类粘贴啊 ====== 分别建立, 然后合并. psfgen 有一个合并方法, 用到时候学一下 毕竟这个SWNT 的psf 不是从top 文件得到 |
11楼2010-06-22 20:23:38
wujiangjie
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bay__gulf
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
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