| 查看: 2306 | 回复: 22 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
[交流]
【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗已有3人参与
|
|||
|
我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。 我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件  。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
博士读完未来一定会好吗
已经有25人回复
-
导师想让我从独立一作变成了共一第一
已经有9人回复
-
到新单位后，换了新的研究方向，没有团队，持续积累2区以上论文，能申请到面上吗
已经有11人回复
-
读博
已经有4人回复
-
JMPT 期刊投稿流程
已经有4人回复
-
心脉受损
已经有5人回复
-
Springer期刊投稿求助
已经有4人回复
-
小论文投稿
已经有3人回复
-
申请2026年博士
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-06-26 09:15:40
574384607(金币+1): 2010-06-26 20:00:02
574384607(金币+4): 2010-06-26 20:00:11
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-06-26 09:15:40
574384607(金币+1): 2010-06-26 20:00:02
574384607(金币+4): 2010-06-26 20:00:11
|
solvate 1.psf 1.pdb -t 8 -o 2_wb这种做法做的，不知道对不对？ =========== 也对也不对 solvate 是很灵活的加水的方法, 有多种方式可以选择. -t 后面是几应该认真斟酌一下 先固定生物分子和碳纳米管原子在水溶液中进行几纳秒relax，然后再把蛋白质解固定，再做一下relax，我看到固定原子的命令是 $fixedatom set beta 1，但是不知道怎么选择想要的原子的，应该怎么操作哪？我想可以通过选择原子序数解决吗，我看不同分子原子数是分开的 ======= 原子集合通过atomselect 定义, 是一个vmd 中的数据类型, vmd 大部分关于原子集合的操作都是通过它进行的, 极端重要. 你该花点时间熟悉一下. |
16楼2010-06-26 09:00:49
wujiangjie
木虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 7947.1
- 散金: 34
- 红花: 2
- 帖子: 444
- 在线: 72.9小时
- 虫号: 578671
- 注册: 2008-07-04
- 专业: 生物化工与食品化工
2楼2010-06-21 19:24:58
3楼2010-06-21 21:26:36
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
4楼2010-06-22 10:09:40