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【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗 已有3人参与
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我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。 我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件  。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ] |
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麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
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bay__gulf
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 2010-06-26 09:15:40
574384607(金币+1): 2010-06-26 20:00:02
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solvate 1.psf 1.pdb -t 8 -o 2_wb这种做法做的，不知道对不对？ =========== 也对也不对 solvate 是很灵活的加水的方法, 有多种方式可以选择. -t 后面是几应该认真斟酌一下 先固定生物分子和碳纳米管原子在水溶液中进行几纳秒relax，然后再把蛋白质解固定，再做一下relax，我看到固定原子的命令是 $fixedatom set beta 1，但是不知道怎么选择想要的原子的，应该怎么操作哪？我想可以通过选择原子序数解决吗，我看不同分子原子数是分开的 ======= 原子集合通过atomselect 定义, 是一个vmd 中的数据类型, vmd 大部分关于原子集合的操作都是通过它进行的, 极端重要. 你该花点时间熟悉一下. |
16楼2010-06-26 09:00:49
wujiangjie
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lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
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