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574384607

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[交流] 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件

。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后

？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]

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1楼 2010-06-21 09:54:38

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-06-22 20:23:38:
这原来不是通过vmd自带的modeling或者别的软件生成的文件导成pdb的啊
======
用的是vmd 的nanotube builder
自己也能写SWNT 的坐标, 但已有现成的工具就用这个了
要生成封口SWNT 的也请找我

应该一样的用 ...

版主，你好。
你说：生物分子和碳纳米管的pdb和psf文件分别建立, 然后合并. psfgen 有一个合并方法, 毕竟这个SWNT 的psf 不是从top 文件得到，你确定可以实现？
我老板给我发信息说两个PSF相加是不行的，那些数会重复或者乱的，特别是psf里面的那些键脚什么的，必须研究toplogy file。他也没做过这一块，也没用过这软件
用top文件得到的就没这个问题吗，我觉得只要两个分子的psf再做到一起，这个合并问题肯定还会出现，除非是把两个分子放到一个pdb文件里用编好的top文件一下子就生成一个完整的psf文件就不会出现合并问题
我看网上介绍charmm力场是对所有原子都适用的，par_all27_prot_lipid.inp 这个应该就是立场文件吧，这个也要改是吧