应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
52/1返回列表
查看: 2866  |  回复: 22
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗 已有3人参与

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧

[ Last edited by 574384607 on 2010-6-26 at 20:20 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2010-06-21 09:54:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-06-26 09:00:49:
solvate 1.psf 1.pdb -t 8 -o 2_wb这种做法做的，不知道对不对？
===========
也对也不对
solvate 是很灵活的加水的方法, 有多种方式可以选择. -t 后面是几应该认真斟酌一下

先固定生物分子和碳纳米管原子在 ...

我看的文献上写的水盒子边上的水层厚度大于一半的cutoff（12）就行，没理解错的话应该没错。
我今下午做了一个conf，先把体系固定在水溶液中，水分子不固定，对体系只做优化relax，程序能运行结束得到1min.xsc、xst、coor、log、vel文件，因为只是优化，没有restart文件。刚开始的时候我是想看看pdb文件里谁的坐标变了没有，结果看到水中原子都没变，想了想pdb文件根本不可能变化。想接着上面的把蛋白质坐标解除固定继续做优化、模拟，现在是不是只要把pdb文件里蛋白质b因子改为0，然后 ？我优化了500000步，这个firsttimestep 后面跟500001就行吧
赞一下 回复此楼
17楼2010-06-26 20:08:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 23 个回答

wujiangjie

木虫 (正式写手)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-06-21 19:56:09
574384607(金币+1): 2010-06-21 21:20:44
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-06-21 19:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by wujiangjie at 2010-06-21 19:24:58:
LZ要psf文件干嘛？在VMD导出中应该可以设置然后得到这个文件吧

lz是什么意思？你是指的碳纳米管吗，不是吧。
我觉得namd要运行conf文件，应该必定需要调用读取pdb和psf文件吧？
不能成功的通过vmd自动生成cnt的psf文件，网上说是因为拓扑结构不合适的原因
赞一下 回复此楼
3楼2010-06-21 21:26:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★
lei0736(金币+3):谢谢 2010-06-22 10:52:21
574384607(金币+4): 2010-06-22 15:44:07
已解决, 参考http://www.mdbbs.org/thread-26778-1-1.html
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-06-22 10:09:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 23 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 4/200 2026-08-30 18:28 by hZiFeudZyoGR
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 17:45 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +7 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 10/500 2026-08-30 17:33 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:14 by hZiFeudZyoGR
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +6 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 17:03 by hZiFeudZyoGR
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 14:05 by GkCVyODlx4mR
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +4 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 6/300 2026-08-30 13:54 by GkCVyODlx4mR
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +6 德尚中行 2026-08-27 7/350 2026-08-30 12:53 by Bxndjjd
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:03 by l0VvVHGBGRLv
[博后之家] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:03 by l0VvVHGBGRLv
[论文投稿] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 7/350 2026-08-30 11:51 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 2026年叶企孙基金 +4 bud_bud 2026-08-27 7/350 2026-08-29 07:23 by foolishmani
[基金申请] 系统查不到 +11 董八千 2026-08-26 11/550 2026-08-28 18:06 by Leogzhya
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +23 koalala 2026-08-24 26/1300 2026-08-26 14:29 by 宝贝虫子
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭