| 查看: 1687 | 回复: 5 | ||
xulinan木虫 (小有名气)
|
[求助]
什么原因可能会引起MD时蛋白构象没有变化？
|
|
前几天用gromacs做了个两个蛋白相互作用的MD。初始的pdb是由单体蛋白MD的预实验中提取的，然后把两个蛋白的坐标文件合并到了一个gro文件。然后用这个合并的结构文件跑了20ns的MD，过程中没有报错。可提数据的时候问题就出现了，我发现在整个过程中那两个蛋白基本没有动过（mdp中也没做冻结或限定）。所有我觉得是不是初始结构文件做的有问题？具体步骤是这样的（之前发帖提到过） 1、用pdb2gmx分别生成两个已知pdb的top、gro和itp文件（为方便描述，两个蛋白下面分别用a、b表示） 2、修改gro文件。将其中b的gro的坐标复制到a的gro文件中（粘贴到a坐标之后就可以），同时修改原子总数。 3、修改top文件。在a的top文件中加入下列内容 ；Include ligand topology # include “b.itp” 最后在[molecules]结尾加：protein 1（分子的名字和数量） 4、之后的就是正常的MD了（建盒子、加溶剂等等） 其实我的目的是将一个蛋白加到另一个蛋白体系中，然后MD观察相互作用，请问上述方法是否欠妥？若有错误请高手指出，提供些其他的方法也很欢迎。不打算做对接，因为文献中是直接随机加入另一个蛋白的，加完后蛋白距离大于cutoff就行，而对接的结构是直接接触的，反应不了过程的变化吧。 |
回复此楼» 猜你喜欢
我面上完蛋了
已经有14人回复
-
范进中举一文的中心思想
已经有8人回复
-
2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战
已经有6人回复
-
只有每年这种时候来逛逛小木虫
已经有27人回复
-
明天应该可查了！？
已经有5人回复
-
如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》
已经有7人回复
-
没有任何消息-是不是就凉了
已经有8人回复
-
人气不行了
已经有10人回复
-
能否退出参与的面上项目解除限项
已经有24人回复
-
filecode，4个jtjc了
已经有17人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 锂离子浓度积累造成的电压变化 浓度积累在哪里？
已经有11人回复
- 求助蛋白质的DSC分析（低浓度，1mg/ml）
已经有8人回复
- 蛋白质高级结构预测
已经有8人回复
- 蛋白modelling找到活性变化的原因
已经有6人回复
- 基因没有变化但是蛋白减少会是什么原因呢？
已经有4人回复
- 关于溶液中丝蛋白构象比例确定（浓度为4.0%）的问题
已经有3人回复
- 蛋白质多聚体的形成与pH变化有什么关系呢？
已经有7人回复
- 氨基酸序列的点突变是否引起该蛋白的功能变化
已经有3人回复
- 【求助】求解释：荧光光谱法研究变性剂对蛋白质构象影响，峰强变而峰位不发生变化的可
已经有7人回复
- 【求助】DSC测蛋白热变性温度需要的纯度是多少
已经有7人回复
- 【求助】重金求助：模拟一个蛋白在不同环境中的构象
已经有4人回复
- 【求助】只是优化后文件，没有restart文件，能继续跑吗
已经有22人回复
snowinheart
银虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2244.7
- 散金: 299
- 帖子: 457
- 在线: 231小时
- 虫号: 473991
- 注册: 2007-12-05
- 专业: 兽医免疫学
2楼2011-06-20 22:26:09
xulinan
木虫 (小有名气)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 2564.9
- 散金: 3
- 帖子: 145
- 在线: 96.3小时
- 虫号: 1123245
- 注册: 2010-10-15
- 性别: GG
- 专业: 微生物生理与生物化学
3楼2011-06-21 08:39:31
liqingwen
木虫 (正式写手)
独行者
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1272.9
- 散金: 121
- 红花: 3
- 帖子: 406
- 在线: 156.6小时
- 虫号: 777960
- 注册: 2009-05-23
- 专业: 理论和计算化学
4楼2011-06-25 09:14:20
5楼2011-06-28 17:13:08
6楼2011-07-04 04:38:23
20