24小时热门版块排行榜    

查看: 1592  |  回复: 6

huiee

金虫 (正式写手)

[求助] 蛋白modelling找到活性变化的原因

为了验证或者改变目标蛋白的底物特异性,做了几个突变,hplc看到该酶的特异性有所变化,但是一个突变居然使其活性降低了至少10倍,我想通过蛋白modelling的方法来找出催化活性降低的原因。
请各位高手不吝指教。比如用啥软件来做modelling?如何预测ligand等等。
我的蛋白没有结晶,但是相同功能的蛋白已经有晶体结构。
谢谢!!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

amms_8

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
可以通过结构预测,然后再与底物进行对接,看突变后对它们相互作用的影响。
2楼2011-12-29 08:43:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huiee

金虫 (正式写手)

引用回帖:
: Originally posted by amms_8 at 2011-12-29 08:43:05:
可以通过结构预测,然后再与底物进行对接,看突变后对它们相互作用的影响。

谢谢 请问您能说具体点吗?用什么软件之类的!
非常感谢
3楼2011-12-29 16:18:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

anquren

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
amisking(金币+5): 楼主奖励! 2011-12-29 18:00:10
有一本书叫《蛋白质结构预测实验指南》,介绍了各种软件,你可以参考一下。
4楼2011-12-29 17:18:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
huiee(金币+5): ★★★很有帮助 2011-12-30 20:57:46
huiee(金币+1): DS是 docking server? 2011-12-30 20:58:56
DS、PP软件可以用于点突变之后的模建,网上有同源模建swiss-model,但是它是根据序列同源性预测的,估计不会得到你想要的结果DS和PP虽然是收费的,但是也有破解版的,只是版本低点,但是在预测方面还是没有障碍的。可以一试……
悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
5楼2011-12-30 13:17:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

imyting

至尊木虫 (正式写手)

内容已删除
悠哉游哉做实验,成兮败兮我随便
6楼2011-12-30 21:43:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hls85915

荣誉版主 (文坛精英)

科研工具版——沙漠之胡

优秀版主优秀版主

用discovery studio
哈哈
7楼2011-12-30 21:59:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 huiee 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学调剂0703 +7 啊我我的 2026-03-11 7/350 2026-03-15 23:03 by 凌千颂111
[考研] 326求调剂 +3 上岸的小葡 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:50 by 无际的草原
[考研] 0703化学调剂 ,六级已过,有科研经历 +4 曦熙兮 2026-03-15 4/200 2026-03-15 18:01 by JourneyLucky
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +11 enenenhui 2026-03-13 12/600 2026-03-14 21:48 by laoshidan
[考研] 复试调剂 +4 z1z2z3879 2026-03-14 5/250 2026-03-14 16:30 by JourneyLucky
[考研] 328求调剂 +3 5201314Lsy! 2026-03-13 6/300 2026-03-14 15:31 by hyswxzs
[考研] 考研材料与化工,求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-09 8/400 2026-03-14 01:14 by JourneyLucky
[考研] 调剂 +3 13853210211 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:47 by JourneyLucky
[考研] 0856材料与化工309分求调剂 +6 ZyZy…… 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:38 by JourneyLucky
[考研] 321求调剂 +3 CUcat 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:25 by JourneyLucky
[考研] 327求调剂 +4 Ffff03 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:17 by JourneyLucky
[考研] 材料371求调剂 +9 鳄鱼? 2026-03-11 11/550 2026-03-13 22:53 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 求调剂(材料与化工327) +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:06 by 星空星月
[考研] 材料与化工085600调剂求老师收留 +9 jiaanl 2026-03-11 9/450 2026-03-13 20:22 by JourneyLucky
[考研] 0857环境调剂 +5 熠熠_11 2026-03-10 5/250 2026-03-11 10:59 by wang_dand
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
信息提示
请填处理意见