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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 蛋白modelling找到活性变化的原因
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huiee

金虫 (正式写手)

[求助] 蛋白modelling找到活性变化的原因

为了验证或者改变目标蛋白的底物特异性，做了几个突变，hplc看到该酶的特异性有所变化，但是一个突变居然使其活性降低了至少10倍，我想通过蛋白modelling的方法来找出催化活性降低的原因。
请各位高手不吝指教。比如用啥软件来做modelling？如何预测ligand等等。
我的蛋白没有结晶，但是相同功能的蛋白已经有晶体结构。
谢谢！！
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1楼 2011-12-29 01:54:20
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amms_8

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
可以通过结构预测，然后再与底物进行对接，看突变后对它们相互作用的影响。
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2楼2011-12-29 08:43:05
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huiee

金虫 (正式写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by amms_8 at 2011-12-29 08:43:05:
可以通过结构预测，然后再与底物进行对接，看突变后对它们相互作用的影响。

谢谢 请问您能说具体点吗？用什么软件之类的！
非常感谢
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3楼2011-12-29 16:18:23
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anquren

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
amisking(金币+5): 楼主奖励！ 2011-12-29 18:00:10
有一本书叫《蛋白质结构预测实验指南》，介绍了各种软件，你可以参考一下。
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4楼2011-12-29 17:18:04
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imyting

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
huiee(金币+5): ★★★很有帮助 2011-12-30 20:57:46
huiee(金币+1): DS是 docking server？ 2011-12-30 20:58:56
DS、PP软件可以用于点突变之后的模建，网上有同源模建swiss-model，但是它是根据序列同源性预测的，估计不会得到你想要的结果DS和PP虽然是收费的，但是也有破解版的，只是版本低点，但是在预测方面还是没有障碍的。可以一试……
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悠哉游哉做实验，成兮败兮我随便
5楼2011-12-30 13:17:25
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imyting

至尊木虫 (正式写手)
内容已删除
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悠哉游哉做实验，成兮败兮我随便
6楼2011-12-30 21:43:49
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hls85915

荣誉版主 (文坛精英)

科研工具版——沙漠之胡

优秀版主优秀版主
用discovery studio
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哈哈
7楼2011-12-30 21:59:54
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