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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock对接构象有问题，请教
汕头大学海洋科学接受调剂
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

[求助] Autodock对接构象有问题，请教

这是复合物配体正确的坐标
HETATM    1  C           0       3.265  15.861   8.883  0.00  0.00     0.099 A
HETATM    2  C           0       2.378  15.883   7.803  0.00  0.00     0.040 A
HETATM    3  C           0       2.690  15.245   6.605  0.00  0.00     0.014 A
HETATM    4  C           0       4.481  15.174   8.743  0.00  0.00     0.102 A
HETATM    5  C           0       4.782  14.541   7.540  0.00  0.00     0.051 A
HETATM    6  C           0       3.906  14.555   6.435  0.00  0.00    -0.033 A
HETATM    7  O           0       2.997  16.490  10.083  0.00  0.00    -0.358 OA
HETATM    8  H           0       3.803  16.440  10.620  0.00  0.00     0.218 HD
HETATM    9  O           0       5.415  15.160   9.766  0.00  0.00    -0.353 OA
HETATM   10  C           0       6.402  14.141   9.652  0.00  0.00     0.210 C
HETATM   11  C           0       4.287  13.865   5.199  0.00  0.00     0.018 C
HETATM   12  C           0       4.993  14.348   4.162  0.00  0.00     0.085 C
HETATM   13  C           0       5.326  13.517   2.905  0.00  0.00     0.198 C
HETATM   14  O           0       4.407  13.416   2.053  0.00  0.00    -0.645 OA
HETATM   15  O           0       6.492  13.045   2.906  0.00  0.00    -0.645 OA
这是对接后配体坐标
HETATM    1  C           0       3.265  15.861   8.883  0.00  0.00     0.099 A
HETATM    2  C           0       2.378  15.883   7.803  0.00  0.00     0.040 A
HETATM    3  C           0       2.690  15.245   6.605  0.00  0.00     0.014 A
HETATM    4  C           0       4.481  15.174   8.743  0.00  0.00     0.102 A
HETATM    5  C           0       4.782  14.541   7.540  0.00  0.00     0.051 A
HETATM    6  C           0       3.906  14.555   6.435  0.00  0.00    -0.033 A
HETATM    7  O           0       2.997  16.490  10.083  0.00  0.00    -0.358 OA
HETATM    8  H           0       3.803  16.440  10.620  0.00  0.00     0.218 HD
HETATM    9  O           0       5.415  15.160   9.766  0.00  0.00    -0.353 OA
HETATM   10  C           0       6.402  14.141   9.652  0.00  0.00     0.210 C
HETATM   11  C           0       4.287  13.865   5.199  0.00  0.00     0.018 C
HETATM   12  C           0       4.993  14.348   4.162  0.00  0.00     0.085 C
HETATM   13  C           0       5.326  13.517   2.905  0.00  0.00     0.198 C
HETATM   14  O           0       4.407  13.416   2.053  0.00  0.00    -0.645 OA
HETATM   15  O           0       6.492  13.045   2.906  0.00  0.00    -0.645 OA
明显差别较大，我看了构象，对接后配体平躺着。这该怎么处理？请指教
我上传两张图片，第一张是复合物中配体正确构象，第二张是对接后的构象
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
1楼 2011-04-25 10:00:20
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
抱歉复合物配体坐标错了，应该是HETATM 2623  C4  FER A 169       9.641  10.138  14.603  1.00 45.97           C  
HETATM 2624  C5  FER A 169       8.912  11.273  14.280  1.00 44.51           C  
HETATM 2625  C6  FER A 169       8.154  11.294  13.124  1.00 43.93           C  
HETATM 2626  C3  FER A 169       9.632   9.050  13.778  1.00 44.28           C  
HETATM 2627  C2  FER A 169       8.891   9.061  12.564  1.00 45.02           C  
HETATM 2628  C1  FER A 169       8.120  10.211  12.261  1.00 44.03           C  
HETATM 2629  C10 FER A 169      10.437   7.399  15.544  1.00 44.04           C  
HETATM 2630  C7  FER A 169       7.314  10.472  11.052  1.00 44.58           C  
HETATM 2631  C8  FER A 169       7.861  11.594  10.595  1.00 41.32           C  
HETATM 2632  C9  FER A 169       7.751  12.575   9.506  1.00 32.64           C  
HETATM 2633  O1  FER A 169       7.071  12.505   8.551  1.00 36.22           O  
HETATM 2634  O2  FER A 169       8.448  13.554   9.605  1.00 30.47           O  
HETATM 2635  O4  FER A 169      10.381  10.070  15.758  1.00 47.92           O  
HETATM 2636  O3  FER A 169      10.410   7.999  14.226  1.00 48.42           O
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
2楼2011-04-25 10:03:22
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御剑江湖

荣誉版主 (著名写手)

天池冶海

优秀版主
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-04-25 10:03:22:
抱歉复合物配体坐标错了，应该是HETATM 2623  C4  FER A 169       9.641  10.138  14.603  1.00 45.97           C  
HETATM 2624  C5  FER A 169       8.912  11.273  14.280  1.00 44.51           C  
HET ...

近期我版在做活动，去本主题提问，会有很多牛牛会详细回答你，谢谢。
[交流] 【500金币分子模拟版块活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
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莫问前尘事，只怜今世缘，承临纵横风，御剑凡尘路，蹉跎浮华，嬉笑洒脱。
3楼2011-04-25 10:05:48
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jawang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-04-26 12:14:16
游子8921(金币+10): 终于有救命的啦，能否具体指导下，我快疯掉了QQ592930344.救命啊，高手 2011-04-26 15:49:15
autodock出来的对接构象有蛮多个，和你选择得参数有个，有时打分最好的不一定就是最合理的构象，你可以看看其他几个打分稍微差点的构象，另外你已经有了复合物的晶体结构了，为什么还要做对接呢，目的是什么哦？
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4楼2011-04-26 11:36:30
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
啥平躺着什么的呀！docking本来就是糊弄人的东西，跟真实环境诚然不一样了！
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
5楼2011-06-21 19:11:09
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
6楼2011-09-05 19:13:41
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
看不明白了
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7楼2012-04-03 20:53:16
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fycpu

银虫 (小有名气)
从哪里看打分的高低啊？
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8楼2013-03-24 21:12:17
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