应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
101/1返回列表
查看: 2637  |  回复: 9
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

rainbow001

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】关于Autodock中Grid中的问题已有4人参与

请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

AutoDock问题汇总

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
加油加油
1楼2010-03-15 16:27:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-15 16:46
rainbow001(金币+1): 2010-03-15 21:12
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-15 16:27:50:
请问各位大侠Autodock的Grid中怎样才能得到gpf格式的文件？操作这步之前必须要打开这个文件吗？另外Docking操作之前一定要打开dpf文件吗？怎么才能得到呢？先谢谢各位大侠了

gpf文件是通过GRID操作就可以获得的，先要编辑蛋白质的PDBQT文件，选择配体，设定Gridbox的大小，设定原子类型等等，最后保存就可以了。
dock之前一定要写DPF文件，这个利用MGLtools很容易就能完成，主要包括大分子的选择，算法的选择等等，如果是柔性对接还需要选择柔性的残基等等，最后保存成Dpf文件就可以了。
赞一下(3人) 回复此楼
2楼2010-03-15 16:38:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)
可是这个dpf文件具体在哪做出来的？是Docking还是其他的地方？他应该放在哪个文件夹下？
赞一下 回复此楼
加油加油
3楼2010-03-16 15:53:47
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-24 19:01
引用回帖:
Originally posted by rainbow001 at 2010-03-16 15:53:47:
可是这个dpf文件具体在哪做出来的？是Docking还是其他的地方？他应该放在哪个文件夹下？

就是在DOCKING指令下做出来的，你所有的文件都应该在一个文件夹啊~包括PDB,PDBQT,GPF,DPF等等
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-03-24 17:11:31
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-03-25 08:35
rainbow001(金币+1): 2010-03-31 09:49
其实不是很明白LZ想问的是什么，gpf和dpf是存grid与dock的参数的，照着常规流程做（我是用ADT搞的），就有了。
你找不到文件位置？方法一，记住你存档的位置；方法二，搜索你的硬盘，然后记住你默认存的地方。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-03-25 01:52:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
rainbow001(金币+1):谢谢参与
群主解决问题了吗？
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2010-05-11 20:03:13
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

rainbow001

木虫 (小有名气)
谢谢问题，解决了，就按照上面各位大侠所说的

[ Last edited by rainbow001 on 2010-5-12 at 10:49 ]
赞一下 回复此楼
加油加油
7楼2010-05-12 08:26:40
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
以后又问题多多提出来
赞一下 回复此楼
8楼2010-05-14 16:26:44
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
zh1987hs: 金币+1, 鼓励交流 2012-04-03 20:19:05
GPF的目的是得到glg文件-
dpf的目的是得到dlg文件
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2012-04-03 20:01:17
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanwanbaobao

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
注意在保存命名时候一定要保存为数字英文下划线为组合的（点）.gpf文件，而后选择Grid下的Edit GPF选项，点击OK即可。
赞一下 回复此楼
10楼2012-08-07 16:44:19
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 rainbow001 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭