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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock分析请教
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

[交流] 【求助】Autodock分析请教

1我运行完Autodock后产生dlg文件，然后我用写字板打开，将氨基酸残基坐标全部取出，然后复制到UltraEdit，转换成PDB格式，最后用GaussView打开。发现底物从选取的氨基酸里跑出来了，并没有对接。请问这是出什么问题了？应该怎么办？
2我找的体系是带有底物的酶，我把底物取出来，试试Autodock能否对接成功。应该可以正确对接的，残基是根据文章选取的，为何会出现这种情况，难道文章提供的活性中心残基有问题？谢谢
3另外，还要请教下，按照手册分析，但结果可以弄出图片，难道手册上的分析是用来查看的，去坐标还是在dlg去吧，dlg是最终结果吧？
4另外还有一个重要的问题请教，看到PDB中有氨基酸分A,B,那么在ADT中输入氨基酸时，要添加AB类型吧，我试了不能添加。请指教
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1楼2011-04-10 16:31:49
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-11 08:31:30
第一个问题：你选择的不是对接好的结果的具体坐标，而是选择的一开始你输入分子时候的坐标，autodock在一开始会计算一下你初始输入坐标的能量，然后再进行盒子里面的能量对接。解决方法是下载MGLtools1.5.4，里面的analyze中有rank by energy 选取能量最低的那个即可
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2楼2011-04-11 08:20:19
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-11 08:31:36
游子8921(金币+10): QQ:592930344具体问题还要讨教 2011-04-11 15:05:12
第二个问题：你应该选择的是LGA算法，这个算法的缺点正是他的重现性不太好，计算的初始条件是随机的，你选择的盒子应该过大了。解决的方法是在一开始去掉配体的时候，看好其活性中心在哪，盒子应该是刚刚包括配体和你觉得应该会发生作用的氨基酸的残疾，然后重复计算20次以上，这样应该得出的结果与真实情况最接近，但是不可能完全相同的（楼主应该知道的，呵呵，理论嘛，不成熟的）
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3楼2011-04-11 08:25:12
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-11 08:31:42
第三个问题：其实是可视化的选择问题，autodock已经做好了配套的可视化软件MGLtools，用它应该可以得到最后的结果和图片，效果看楼主的水平了，呵呵，反正可以做的很漂亮的，就像autodock的主页上的图片。
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4楼2011-04-11 08:27:32
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-04-11 08:31:49
第四个我没有遇见过，根据个人经历，是不是作用原子的类型啊，想S O 等等。呵呵，这个我不太会
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5楼2011-04-11 08:28:46
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-11 10:42:53
第四个应该是AB链吧
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6楼2011-04-11 08:49:34
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by wuhaigang at 2011-04-11 08:20:19:
第一个问题：你选择的不是对接好的结果的具体坐标，而是选择的一开始你输入分子时候的坐标，autodock在一开始会计算一下你初始输入坐标的能量，然后再进行盒子里面的能量对接。解决方法是下载MGLtools1.5.4，里面 ...

我已经下载了MGLTools，不就是ADT吗？dlg文件是运行完autodock后产生的，不是对接后的文件吗？
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7楼2011-04-11 15:08:55
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by wuhaigang at 2011-04-11 08:25:12:
第二个问题：你应该选择的是LGA算法，这个算法的缺点正是他的重现性不太好，计算的初始条件是随机的，你选择的盒子应该过大了。解决的方法是在一开始去掉配体的时候，看好其活性中心在哪，盒子应该是刚刚包括配体 ...

不选LGA那选哪种方法？我知道活性中心的残基，可以确定活性中心。请问下在哪里设置计算20次，是默认的吗？
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8楼2011-04-11 15:13:34
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:27:27
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-04-11 15:08:55:
我已经下载了MGLTools，不就是ADT吗？dlg文件是运行完autodock后产生的，不是对接后的文件吗？

这是最后的结果文件啊，但是你剪切的可能原始数据啦。所以，我不建议你使用剪切，直接读取
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9楼2011-04-12 12:36:40
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wuhaigang

木虫 (著名写手)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:27:39
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-04-11 15:13:34:
不选LGA那选哪种方法？我知道活性中心的残基，可以确定活性中心。请问下在哪里设置计算20次，是默认的吗？

不是的，一般的20次的得出的可信度较高吧，呵呵 你可以看看概率论，有相关的知识的。
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10楼2011-04-12 12:38:19
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
还有高手指点吗？急盼
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11楼2011-04-15 21:04:40
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
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12楼2011-09-05 19:34:33
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
12楼: Originally posted by chemozhang at 2011-09-05 19:34:33:
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》

晕，问题精彩，可是答案不精彩啊，没有解决到根本问题，期待高手。我都有很长时间没学Autodock了，没高手解答问题
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13楼2011-09-05 19:38:31
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
答案说的很好啊
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14楼2011-09-05 19:57:19
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)
引用回帖:
14楼: Originally posted by fmtzhangli at 2011-09-05 19:57:19:
答案说的很好啊

你是高手啦，那我有问题可以请教你啦
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15楼2011-09-06 20:04:35
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晔?�

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
4楼: Originally posted by wuhaigang at 2011-04-11 08:27:32
第三个问题：其实是可视化的选择问题，autodock已经做好了配套的可视化软件MGLtools，用它应该可以得到最后的结果和图片，效果看楼主的水平了，呵呵，反正可以做的很漂亮的，就像autodock的主页上的图片。

生成了.dlg文件(共含10个对接构像)，adt进行分析时无法出现图analyze-comformatiions-show
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17楼2015-02-02 19:23:15
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zhang360

新虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我对接就没有成功过
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18楼2016-07-09 20:29:26
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longytu16楼
2012-04-03 08:00   回复  
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
chaizhm: 金币-20 2012-04-03 18:42:16
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:42
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:42 ]
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