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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】Autodock分析请教
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

[交流] 【求助】Autodock分析请教

1我运行完Autodock后产生dlg文件，然后我用写字板打开，将氨基酸残基坐标全部取出，然后复制到UltraEdit，转换成PDB格式，最后用GaussView打开。发现底物从选取的氨基酸里跑出来了，并没有对接。请问这是出什么问题了？应该怎么办？
2我找的体系是带有底物的酶，我把底物取出来，试试Autodock能否对接成功。应该可以正确对接的，残基是根据文章选取的，为何会出现这种情况，难道文章提供的活性中心残基有问题？谢谢
3另外，还要请教下，按照手册分析，但结果可以弄出图片，难道手册上的分析是用来查看的，去坐标还是在dlg去吧，dlg是最终结果吧？
4另外还有一个重要的问题请教，看到PDB中有氨基酸分A,B,那么在ADT中输入氨基酸时，要添加AB类型吧，我试了不能添加。请指教
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1楼 2011-04-10 16:31:49
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-11 10:42:53
第四个应该是AB链吧
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6楼2011-04-11 08:49:34
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fmtzhangli

金虫 (小有名气)
答案说的很好啊
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14楼2011-09-05 19:57:19
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