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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK中的flexible residues的问题
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PSA

专家顾问 (著名写手)

[交流] AUTODOCK中的flexible residues的问题

当我按照图片中的步骤弄完后，当然不是选择的Arg啦，提示说柔性aa必须首先被sepcial,好像没大问明白，结果就是不能存成pdbqt的格式

大家有没有遇到过这样的问题
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1楼 2011-08-31 18:00:34
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★
PSA(金币+1):谢谢参与
PSA(金币+2): xiexie 2011-10-31 20:21:36
没用过。
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2楼2011-10-31 19:46:23
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
看来研究入魔了。。。。
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3楼2012-01-19 13:27:13
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huang0106

木虫 (职业作家)
★
PSA(金币+1):谢谢参与
那能不能先special呢？
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5楼2012-01-25 18:32:56
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by huang0106 at 2012-01-25 18:32:56:
那能不能先special呢？

可以详细一点说说你的想法不，thx a lot!
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6楼2012-01-25 22:43:49
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
看mannual，先从flexible residues打开你已经保存的pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入你要设置为可旋转的氨基酸残基的名称，例如CYS323, add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转。（整个过程中可以选择多个你感兴趣的氨基酸残基），最后还是在这个按钮的list里选save成flex的格式，即pdbqt的格式。当然也可以同时保存rigid的文件。（根据需要）
最后用在vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了。
个人觉得，加上氨基酸残基的半柔性对接没那么神，可能结果还不如原来的刚性对接好。。根据需要吧。。
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7楼2012-01-28 23:06:14
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PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
4507351楼: Originally posted by longytu at 2012-04-03 08:01:08:
本人一硕士，硕士阶段参与发表两篇JMC（IF 5左右），不是第一作者，但是主要负责分子对接及筛选，主要研究方向为蛋白抑制剂的筛选及分析。
现有偿提供分子对接服务，想发表中文或者英文杂志的朋友可以联系我，熟 ...

YOU CHANG
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9楼2012-04-03 11:36:32
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lium0004楼
2012-01-21 10:37   回复  
PSA(金币+1):谢谢参与
顶一下，感谢分享！
longytu8楼
2012-04-03 08:01   回复  
PSA(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:39
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:39 ]
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