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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK中的flexible residues的问题
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pkuchemistry

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御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
看mannual，先从flexible residues打开你已经保存的pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入你要设置为可旋转的氨基酸残基的名称，例如CYS323, add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转。（整个过程中可以选择多个你感兴趣的氨基酸残基），最后还是在这个按钮的list里选save成flex的格式，即pdbqt的格式。当然也可以同时保存rigid的文件。（根据需要）
最后用在vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了。
个人觉得，加上氨基酸残基的半柔性对接没那么神，可能结果还不如原来的刚性对接好。。根据需要吧。。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2012-01-28 23:06:14
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