应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODOCK中的flexible residues的问题
51/1返回列表
查看: 1804  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

[交流] AUTODOCK中的flexible residues的问题

当我按照图片中的步骤弄完后，当然不是选择的Arg啦，提示说柔性aa必须首先被sepcial,好像没大问明白，结果就是不能存成pdbqt的格式

大家有没有遇到过这样的问题
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

AutoDock问题汇总

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-08-31 18:00:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
看mannual，先从flexible residues打开你已经保存的pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入你要设置为可旋转的氨基酸残基的名称，例如CYS323, add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转。（整个过程中可以选择多个你感兴趣的氨基酸残基），最后还是在这个按钮的list里选save成flex的格式，即pdbqt的格式。当然也可以同时保存rigid的文件。（根据需要）
最后用在vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了。
个人觉得，加上氨基酸残基的半柔性对接没那么神，可能结果还不如原来的刚性对接好。。根据需要吧。。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2012-01-28 23:06:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
看来研究入魔了。。。。
回复此楼
3楼2012-01-19 13:27:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huang0106

木虫 (职业作家)
★
PSA(金币+1):谢谢参与
那能不能先special呢？
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2012-01-25 18:32:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
楼: Originally posted by huang0106 at 2012-01-25 18:32:56:
那能不能先special呢？

可以详细一点说说你的想法不，thx a lot!
赞一下 回复此楼
6楼2012-01-25 22:43:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
lium0004楼
2012-01-21 10:37   回复  
PSA(金币+1):谢谢参与
顶一下，感谢分享！
longytu8楼
2012-04-03 08:01   回复  
PSA(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:39
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:39 ]
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭