| 查看: 1927 | 回复: 8 | ||||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
[交流]
AUTODOCK中的flexible residues的问题
|
||||
|
当我按照图片中的步骤弄完后，当然不是选择的Arg啦，提示说柔性aa必须首先被sepcial,好像没大问明白，结果就是不能存成pdbqt的格式 大家有没有遇到过这样的问题 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 AutoDock问题汇总 |
» 猜你喜欢
26考研求调剂
已经有6人回复
-
求调剂，总分315，考的生物医药，一志愿湖南师范大学。调剂到任何专业都可以
已经有5人回复
-
085600材料与化工求调剂
已经有3人回复
-
311求调剂
已经有7人回复
-
303求调剂
已经有3人回复
-
有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～
已经有7人回复
-
梁成伟老师课题组欢迎你的加入
已经有10人回复
-
一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项
已经有8人回复
-
070300化学319求调剂
已经有3人回复
-
一志愿天津大学化学工艺专业（081702）315分求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 要哭了，使用AUTODOCK的大侠们来帮我看看，这个到底问题出在哪啊
已经有10人回复
- 有关autodock发文章的问题
已经有10人回复
- AutoDock参数设置问题
已经有6人回复
- 用AutoDock作分子对接前的小分子能量最小化问题
已经有6人回复
- 【求助】win7下安装AUTODOCK出现问题，求帮助(附截图）
已经有17人回复
- 【求助】run autodock4出现问题
已经有7人回复
- 【求助】autodock4 安装问题
已经有9人回复
- 【求助】AUTODOCK的一个问题
已经有6人回复
- 【求助】关于Autodock的问题
已经有11人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【资源】PyRx-基于autodock的虚拟筛选软件
已经有31人回复
» 抢金币啦！回帖就可以得到:
-
西湖大学工学院智能微型机器人实验室博士后招聘启事
+4/228
-
物理学 调剂
+1/84
-
重庆医科大学神经科学中心/病生与生理系诚邀海内外优秀博士加盟博士后队伍（长期）
+1/81
-
浙江农林大学招收调剂
+1/81
-
催化方向推荐一个极好的博导
+1/39
-
关于碳量子点抗菌的研究
+1/35
-
青岛大学泰山学者课题组招2026年申请考核制博士
+1/33
-
招硕士调剂生
+2/26
-
新疆大学招收学硕调剂
+1/24
-
欢迎交流咨询
+1/18
-
重庆大学诚招2026年生物材料方向博士生
+1/8
-
青岛科技大学可持续高分子团队 考研招生
+1/7
-
2026年上海大学王亮课题组招收电催化或光催化研究背景的博士生
+2/6
-
26年申博自荐-计算机视觉
+1/6
-
博后即将出站，求稳定的教职
+1/5
-
125603工业工程与管理调剂
+1/2
-
323分控制工程求调剂
+1/2
-
澳大利亚科学院院士Prof.Gordon Wallace, University of Wollongong 全奖博士机会
+1/1
-
西北师范大学化学化工学院李健教授课题组接受化学、化工、材料类研究生调剂！
+1/1
-
上海大学微电子学院李梦姣教授团队-招收集成电路/电子/材料/微纳制造博士生1名
+1/1
3楼2012-01-19 13:27:13
5楼2012-01-25 18:32:56
6楼2012-01-25 22:43:49
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
|
看mannual，先从flexible residues打开你已经保存的pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入你要设置为可旋转的氨基酸残基的名称，例如CYS323, add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转。（整个过程中可以选择多个你感兴趣的氨基酸残基），最后还是在这个按钮的list里选save成flex的格式，即pdbqt的格式。当然也可以同时保存rigid的文件。（根据需要） 最后用在vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了。 个人觉得，加上氨基酸残基的半柔性对接没那么神，可能结果还不如原来的刚性对接好。。根据需要吧。。  |
7楼2012-01-28 23:06:14
简单回复
lium0004楼
2012-01-21 10:37
回复
PSA(金币+1):谢谢参与
顶一下，感谢分享！
longytu8楼
2012-04-03 08:01
回复
PSA(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:39
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:39 ]
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:39
