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[交流] AUTODOCK中的flexible residues的问题

当我按照图片中的步骤弄完后,当然不是选择的Arg啦,提示说柔性aa必须首先被sepcial,好像没大问明白,结果就是不能存成pdbqt的格式

大家有没有遇到过这样的问题
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pkuchemistry

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PSA(金币+1):谢谢参与
PSA(金币+2): xiexie 2011-10-31 20:21:36
没用过。
2楼2011-10-31 19:46:23
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pkuchemistry

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看来研究入魔了。。。。
3楼2012-01-19 13:27:13
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huang0106

木虫 (职业作家)



PSA(金币+1):谢谢参与
那能不能先special呢?
5楼2012-01-25 18:32:56
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引用回帖:
: Originally posted by huang0106 at 2012-01-25 18:32:56:
那能不能先special呢?

可以详细一点说说你的想法不,thx a lot!
6楼2012-01-25 22:43:49
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pkuchemistry

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★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
看mannual,先从flexible residues打开你已经保存的pdbqt格式的处理好的蛋白,然后从edit选择select from string,输入你要设置为可旋转的氨基酸残基的名称,例如CYS323, add之后,再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转。(整个过程中可以选择多个你感兴趣的氨基酸残基),最后还是在这个按钮的list里选save成flex的格式,即pdbqt的格式。当然也可以同时保存rigid的文件。(根据需要)
最后用在vina运算的脚本里,增加flex一行的说明,运算就可以了。
个人觉得,加上氨基酸残基的半柔性对接没那么神,可能结果还不如原来的刚性对接好。。根据需要吧。。
7楼2012-01-28 23:06:14
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引用回帖:
4507351楼: Originally posted by longytu at 2012-04-03 08:01:08:
本人一硕士,硕士阶段参与发表两篇JMC(IF 5左右),不是第一作者,但是主要负责分子对接及筛选,主要研究方向为蛋白抑制剂的筛选及分析。
现有偿提供分子对接服务,想发表中文或者英文杂志的朋友可以联系我,熟 ...

YOU CHANG
9楼2012-04-03 11:36:32
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简单回复
lium0004楼
2012-01-21 10:37   回复  
PSA(金币+1):谢谢参与
顶一下,感谢分享!
longytu8楼
2012-04-03 08:01   回复  
PSA(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:39
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:39 ]
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