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AUTODOCK中的flexible residues的问题
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当我按照图片中的步骤弄完后，当然不是选择的Arg啦，提示说柔性aa必须首先被sepcial,好像没大问明白，结果就是不能存成pdbqt的格式 大家有没有遇到过这样的问题 |
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 AutoDock问题汇总 |
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御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 谢谢 2012-02-06 21:26:27
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看mannual，先从flexible residues打开你已经保存的pdbqt格式的处理好的蛋白，然后从edit选择select from string,输入你要设置为可旋转的氨基酸残基的名称，例如CYS323, add之后，再从下边的工具行残基的按钮中选择choose torsions设定你选择的残基哪根键可以旋转。（整个过程中可以选择多个你感兴趣的氨基酸残基），最后还是在这个按钮的list里选save成flex的格式，即pdbqt的格式。当然也可以同时保存rigid的文件。（根据需要） 最后用在vina运算的脚本里，增加flex一行的说明，运算就可以了。 个人觉得，加上氨基酸残基的半柔性对接没那么神，可能结果还不如原来的刚性对接好。。根据需要吧。。  |
7楼2012-01-28 23:06:14
9楼2012-04-03 11:36:32
简单回复
lium0004楼
2012-01-21 10:37
回复
PSA(金币+1):谢谢参与
顶一下，感谢分享！
longytu8楼
2012-04-03 08:01
回复
PSA(金币+1): 谢谢参与
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:39
1 [ Last edited by chaizhm on 2012-4-3 at 18:39 ]
chaizhm: 编辑内容 2012-04-03 18:39
