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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)


[交流] 【求助】Autodock分析请教

1我运行完Autodock后产生dlg文件,然后我用写字板打开,将氨基酸残基坐标全部取出,然后复制到UltraEdit,转换成PDB格式,最后用GaussView打开。发现底物从选取的氨基酸里跑出来了,并没有对接。请问这是出什么问题了?应该怎么办?
2我找的体系是带有底物的酶,我把底物取出来,试试Autodock能否对接成功。应该可以正确对接的,残基是根据文章选取的,为何会出现这种情况,难道文章提供的活性中心残基有问题?谢谢
3另外,还要请教下,按照手册分析,但结果可以弄出图片,难道手册上的分析是用来查看的,去坐标还是在dlg去吧,dlg是最终结果吧?
4另外还有一个重要的问题请教,看到PDB中有氨基酸分A,B,那么在ADT中输入氨基酸时,要添加AB类型吧,我试了不能添加。请指教
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wuhaigang

木虫 (著名写手)


★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-04-13 09:27:27
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-04-11 15:08:55:
我已经下载了MGLTools,不就是ADT吗?dlg文件是运行完autodock后产生的,不是对接后的文件吗?

这是最后的结果文件啊,但是你剪切的可能原始数据啦。所以,我不建议你使用剪切,直接读取
9楼2011-04-12 12:36:40
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wuhaigang

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-11 08:31:30
第一个问题:你选择的不是对接好的结果的具体坐标,而是选择的一开始你输入分子时候的坐标,autodock在一开始会计算一下你初始输入坐标的能量,然后再进行盒子里面的能量对接。解决方法是下载MGLtools1.5.4,里面的analyze中有rank by energy 选取能量最低的那个即可
2楼2011-04-11 08:20:19
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wuhaigang

木虫 (著名写手)


★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+4): 谢谢 2011-04-11 08:31:36
游子8921(金币+10): QQ:592930344具体问题还要讨教 2011-04-11 15:05:12
第二个问题:你应该选择的是LGA算法,这个算法的缺点正是他的重现性不太好,计算的初始条件是随机的,你选择的盒子应该过大了。解决的方法是在一开始去掉配体的时候,看好其活性中心在哪,盒子应该是刚刚包括配体和你觉得应该会发生作用的氨基酸的残疾,然后重复计算20次以上,这样应该得出的结果与真实情况最接近,但是不可能完全相同的(楼主应该知道的,呵呵,理论嘛,不成熟的)
3楼2011-04-11 08:25:12
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wuhaigang

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
zh1987hs(金币+3): 谢谢 2011-04-11 08:31:42
第三个问题:其实是可视化的选择问题,autodock已经做好了配套的可视化软件MGLtools,用它应该可以得到最后的结果和图片,效果看楼主的水平了,呵呵,反正可以做的很漂亮的,就像autodock的主页上的图片。
4楼2011-04-11 08:27:32
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