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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
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yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)

[求助] Autodock时 gridbox的参数怎么设置??

请问各位大侠，做Autodock时 gridbox的参数怎么设置啊  还有怎么样才能知道蛋白活性口袋的坐标啊？
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1楼2011-09-27 16:40:01
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yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)
各位高手回个帖啊
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2楼2011-09-29 09:30:21
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PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-10-01 22:50:31
yuezhiqiang(金币+30): 好 2011-10-04 07:52:51
可以用共晶结构中的LIGAND来确定坐标O(∩_∩)O~
记录此坐标，以后对接其他分子就可以了
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3楼2011-09-30 16:49:11
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

yuezhiqiang(金币+20): 好 2011-10-04 07:52:32
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些
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4楼2011-10-01 22:50:23
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yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)
好的 谢谢  那请问用什么软件去掉共结晶体里的配体结构呢，如何标记活性位点坐标啊？是不是这个坐标就相当于gridbox中X,Y,Z三个参数值？谢谢啊
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5楼2011-10-04 07:52:04
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
5楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-04 07:52:04:
好的 谢谢  那请问用什么软件去掉共结晶体里的配体结构呢，如何标记活性位点坐标啊？是不是这个坐标就相当于gridbox中X,Y,Z三个参数值？谢谢啊

用TXT把PDB文件打开，找到HETATM开始的行，全删掉，找到你的活性位点氨基酸，会有对应的坐标值，记下来，设置成对应的X,Y,Z就可以了
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6楼2011-10-04 09:00:50
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huang0106

木虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-04 09:00:50:
用TXT把PDB文件打开，找到HETATM开始的行，全删掉，找到你的活性位点氨基酸，会有对应的坐标值，记下来，设置成对应的X,Y,Z就可以了

但是，貌似pocket中的氨基酸的系列不连续啊……而且氨基酸也不止一个……
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7楼2011-10-04 09:19:13
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
7楼: Originally posted by huang0106 at 2011-10-04 09:19:13:
但是，貌似pocket中的氨基酸的系列不连续啊……而且氨基酸也不止一个……

你只用选择其中的一个就行了！因为这些活性位点的氨基酸虽然在序列上是不连续的，但是在空间位置上是十分接近的，你选择其中的一个为中心，把盒子大小设成60左右，基本可以包含所有的活性位点氨基酸了
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8楼2011-10-04 10:28:15
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huang0106

木虫 (职业作家)
引用回帖:
8楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-04 10:28:15:
你只用选择其中的一个就行了！因为这些活性位点的氨基酸虽然在序列上是不连续的，但是在空间位置上是十分接近的，你选择其中的一个为中心，把盒子大小设成60左右，基本可以包含所有的活性位点氨基酸了

我是这么干的，但是感觉选不同的氨基酸的时候，对接出来的结果差别还是比较大的……
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9楼2011-10-04 23:44:46
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yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)
那有什么软件可以读出蛋白活性位点某个氨基酸的坐标啊  各位大侠？
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10楼2011-10-05 08:03:32
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