应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
192/2返回列表上一页12
查看: 4764  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
10楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-05 08:03:32:
那有什么软件可以读出蛋白活性位点某个氨基酸的坐标啊  各位大侠？

记事本或者写字板
赞一下 回复此楼
11楼2011-10-05 09:50:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-09 09:19:48
或者用DS的visual也可以，图形界面是免费试用的
赞一下(1人) 回复此楼
12楼2011-10-08 15:55:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zl2329

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2137240楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-04 09:00:50:
用TXT把PDB文件打开，找到HETATM开始的行，全删掉，找到你的活性位点氨基酸，会有对应的坐标值，记下来，设置成对应的X,Y,Z就可以了

你好，这个活性点有很多原子坐标，那怎么设置活性坐标啊
赞一下 回复此楼
13楼2012-04-30 21:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1054950560

金虫 (正式写手)
你可以做一个验证试验，直接就可以读出来gridbox
赞一下 回复此楼
努力就会有回报，不管是好的还是坏的
14楼2013-05-13 15:57:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinyanyan

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些

格子尺寸的大小可以到什么程度，合一般在多大的范围内较合适？
赞一下 回复此楼
15楼2014-06-07 15:59:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jinyanyan

铜虫 (小有名气)
格子大小在多大范围内合适？
赞一下 回复此楼
16楼2014-06-07 16:06:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhouling1019

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些

你好，我想请问一下，我有一个蛋白质分子要和一个小分子对接，而且也知道对接的活性位点，我应该怎样加gridbox？求具体步骤。
赞一下 回复此楼
17楼2015-12-25 19:53:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-05 08:03:32
那有什么软件可以读出蛋白活性位点某个氨基酸的坐标啊  各位大侠？

好多软件的奥，pymol，VMD，autodock都可以选中活性位点处的氨基酸软件，还是仔细学习软件吧
赞一下 回复此楼
18楼2015-12-28 13:33:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝瑶

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些

催化位点还是结合位点
赞一下 回复此楼
19楼2016-04-23 17:40:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuezhiqiang 的主题更新
192/2返回列表上一页12
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +6 不逢春 2026-04-05 7/350 2026-04-05 22:20 by dongzh2009
[考研] 求调剂求调剂 +8 121. 2026-04-02 8/400 2026-04-05 20:15 by lys0704
[考研] 复试调剂 +8 春日来信- 2026-04-03 8/400 2026-04-05 18:58 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业083200 +4 what张 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:07 by chw1980_0
[考研] 359求调剂22408 +3 123456789qw 2026-03-31 3/150 2026-04-05 10:09 by zhq0425
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +10 梁富贵险中求 2026-04-04 12/600 2026-04-05 09:37 by guoweigw
[考研] 调剂 +4 是可乐不是可乐 2026-04-04 4/200 2026-04-04 19:41 by 唐沐儿
[考研] 277工科求调剂 +7 1915668 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:21 by 啊俊！
[考研] 一志愿沪985，326分求调剂 +3 刘墨墨 2026-04-03 3/150 2026-04-04 11:16 by 悲伤的芋头
[考研] 求调剂，一志愿北京中医药大学 +3 小小达不溜 2026-04-02 3/150 2026-04-03 22:55 by 冲矢昴星团
[考研] 334求调剂 +9 Trying] 2026-03-31 9/450 2026-04-03 15:18 by 琢珥丶
[考研] 0705理学294求调剂 +3 成果成果cg5 2026-04-03 3/150 2026-04-03 14:04 by simons1972
[考研] 材料考研调剂 +10 Gs大王 2026-04-02 10/500 2026-04-03 09:47 by 遗忘消失的灆
[考研] 重庆大学材料与化工085600，初试370+，求求调剂建议 +8 shzhou_ 2026-04-01 9/450 2026-04-03 09:31 by 蓝云思雨
[考研] 312求调剂 +6 小小墨123 2026-04-02 7/350 2026-04-03 07:32 by jsw79
[考研] 一志愿华南师范大学-22408计算机-292分-求华南师范大学调剂 +4 爱读书的小鳄鱼 2026-04-02 4/200 2026-04-02 18:35 by 求调剂zz
[考研] 初试301，代码085701环境工程，本硕一致，四六级已过，有二区一作，共发表5篇论文 +6 axibli 2026-04-01 6/300 2026-04-02 13:42 by Ecowxq666！
[考研] 286分调剂 +20 Faune 2026-03-30 22/1100 2026-04-02 13:24 by clyblh
[考研] 348环境工程调剂 +3 吴彦祖24k 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:14 by nanaliuyun
[考研] 一志愿346上海大学生物学 +3 上海大学346调剂 2026-04-01 3/150 2026-04-02 08:36 by w虫虫123
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭