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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
引用回帖:
10楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-05 08:03:32:
那有什么软件可以读出蛋白活性位点某个氨基酸的坐标啊  各位大侠？

记事本或者写字板
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11楼2011-10-05 09:50:08
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-09 09:19:48
或者用DS的visual也可以，图形界面是免费试用的
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12楼2011-10-08 15:55:20
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zl2329

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2137240楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-04 09:00:50:
用TXT把PDB文件打开，找到HETATM开始的行，全删掉，找到你的活性位点氨基酸，会有对应的坐标值，记下来，设置成对应的X,Y,Z就可以了

你好，这个活性点有很多原子坐标，那怎么设置活性坐标啊
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13楼2012-04-30 21:33:48
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1054950560

金虫 (正式写手)
你可以做一个验证试验，直接就可以读出来gridbox
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努力就会有回报，不管是好的还是坏的
14楼2013-05-13 15:57:52
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jinyanyan

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些

格子尺寸的大小可以到什么程度，合一般在多大的范围内较合适？
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15楼2014-06-07 15:59:22
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jinyanyan

铜虫 (小有名气)
格子大小在多大范围内合适？
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16楼2014-06-07 16:06:06
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些

你好，我想请问一下，我有一个蛋白质分子要和一个小分子对接，而且也知道对接的活性位点，我应该怎样加gridbox？求具体步骤。
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17楼2015-12-25 19:53:33
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-05 08:03:32
那有什么软件可以读出蛋白活性位点某个氨基酸的坐标啊  各位大侠？

好多软件的奥，pymol，VMD，autodock都可以选中活性位点处的氨基酸软件，还是仔细学习软件吧
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18楼2015-12-28 13:33:14
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蓝瑶

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些

催化位点还是结合位点
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19楼2016-04-23 17:40:39
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