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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

引用回帖:
10楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-05 08:03:32:
那有什么软件可以读出蛋白活性位点某个氨基酸的坐标啊  各位大侠?

记事本或者写字板
11楼2011-10-05 09:50:08
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arthurii

木虫 (正式写手)

★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-10-09 09:19:48
或者用DS的visual也可以,图形界面是免费试用的
12楼2011-10-08 15:55:20
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zl2329

木虫 (小有名气)

引用回帖:
2137240楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-04 09:00:50:
用TXT把PDB文件打开,找到HETATM开始的行,全删掉,找到你的活性位点氨基酸,会有对应的坐标值,记下来,设置成对应的X,Y,Z就可以了

你好,这个活性点有很多原子坐标,那怎么设置活性坐标啊
13楼2012-04-30 21:33:48
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1054950560

金虫 (正式写手)

你可以做一个验证试验,直接就可以读出来gridbox
努力就会有回报,不管是好的还是坏的
14楼2013-05-13 15:57:52
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jinyanyan

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理,补充一点:如果木有共晶结构,你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点,可以把这个位点设成活性中心,把尺寸再设大一些

格子尺寸的大小可以到什么程度,合一般在多大的范围内较合适?
15楼2014-06-07 15:59:22
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jinyanyan

铜虫 (小有名气)

格子大小在多大范围内合适?
16楼2014-06-07 16:06:06
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理,补充一点:如果木有共晶结构,你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点,可以把这个位点设成活性中心,把尺寸再设大一些

你好,我想请问一下,我有一个蛋白质分子要和一个小分子对接,而且也知道对接的活性位点,我应该怎样加gridbox?求具体步骤。
17楼2015-12-25 19:53:33
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by yuezhiqiang at 2011-10-05 08:03:32
那有什么软件可以读出蛋白活性位点某个氨基酸的坐标啊  各位大侠?

好多软件的奥,pymol,VMD,autodock都可以选中活性位点处的氨基酸软件,还是仔细学习软件吧
18楼2015-12-28 13:33:14
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蓝瑶

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-01 22:50:23
楼上的说的有道理,补充一点:如果木有共晶结构,你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点,可以把这个位点设成活性中心,把尺寸再设大一些

催化位点还是结合位点
19楼2016-04-23 17:40:39
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