应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
52/1返回列表
查看: 4591  |  回复: 18
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)

[求助] Autodock时 gridbox的参数怎么设置??

请问各位大侠，做Autodock时 gridbox的参数怎么设置啊  还有怎么样才能知道蛋白活性口袋的坐标啊？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2011-09-27 16:40:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zl2329

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2137240楼: Originally posted by zh1987hs at 2011-10-04 09:00:50:
用TXT把PDB文件打开，找到HETATM开始的行，全删掉，找到你的活性位点氨基酸，会有对应的坐标值，记下来，设置成对应的X,Y,Z就可以了

你好，这个活性点有很多原子坐标，那怎么设置活性坐标啊
赞一下 回复此楼
13楼2012-04-30 21:33:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答

yuezhiqiang

银虫 (初入文坛)
各位高手回个帖啊
赞一下 回复此楼
2楼2011-09-29 09:30:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

PSA

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-10-01 22:50:31
yuezhiqiang(金币+30): 好 2011-10-04 07:52:51
可以用共晶结构中的LIGAND来确定坐标O(∩_∩)O~
记录此坐标，以后对接其他分子就可以了
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-09-30 16:49:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

yuezhiqiang(金币+20): 好 2011-10-04 07:52:32
楼上的说的有道理，补充一点：如果木有共晶结构，你可以看看别人有没有报道这个酶的活性位点，可以把这个位点设成活性中心，把尺寸再设大一些
赞一下 回复此楼
4楼2011-10-01 22:50:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 19 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭