应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~
61/1返回列表
查看: 2024  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

绿茶QJM

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~

在AUTODOCK 4.0做对接，对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候，有一个氢键形成，是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键 该O 上没有氢，两边连的是C

查看TXT文本，该S原子的类型为 SD ，也就是S是氢键给体

AUTODOCK里定义的是S是氢键给体，O是氢键受体。对于这个H键，显而易见，O是氢键受体，但是S是如何成为氢键给体的呢？它的两个键也是接的是C

    求助解释下，S与O是如何形成氢键的？

[ Last edited by 绿茶QJM on 2011-3-30 at 13:38 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-29 18:11:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:48:54
绿茶QJM(金币+1): 2011-03-30 13:38:38
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-29 18:11:43:
在AUTODOCK 4.0做对接，对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候，有一个氢键形成，是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键

查看TXT文本，该S原子的类型为 SD

    求助解释下，S与O是如何形成氢键 ...

如果氧上有氢就可以
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-30 06:24:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

绿茶QJM

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-30 06:24:02:
如果氧上有氢就可以

这两个原子所接的两个键都是C，没有H
赞一下 回复此楼
3楼2011-03-30 13:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-01 12:28:42
绿茶QJM(金币+2): 2011-04-02 19:27:46
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-30 13:39:13:
这两个原子所接的两个键都是C，没有H

如果两个杂原子间距（小于两个氢键键长）和角度在一定范围内，很多软件会认为它们能通过H原子介导形成氢键相互作用，即共用一个氢原子，各软件定义的范围不同，此氢原子亦可来自于水分子，当然你对接过程中可能没有添加水分子，实际上分子间空隙是会填充水的。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-03-31 00:46:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-01 12:28:53
绿茶QJM(金币+1): 2011-04-02 19:27:51
另外建议你用Sybyl看氢键会好一些
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-03-31 00:47:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
6楼2011-09-05 19:36:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 绿茶QJM 的主题更新
61/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭