24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 2000  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

绿茶QJM

银虫 (小有名气)


[交流] 【求助】AUTODOCK 产生的氢键原理~

在AUTODOCK 4.0做对接,对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候,有一个氢键形成,是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键 该O 上没有氢,两边连的是C

查看TXT文本,该S原子的类型为 SD ,也就是S是氢键给体

AUTODOCK里定义的是S是氢键给体,O是氢键受体。对于这个H键,显而易见,O是氢键受体,但是S是如何成为氢键给体的呢?它的两个键也是接的是C

    求助解释下,S与O是如何形成氢键的?

[ Last edited by 绿茶QJM on 2011-3-30 at 13:38 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

绿茶QJM

银虫 (小有名气)


引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-30 06:24:02:
如果氧上有氢就可以

这两个原子所接的两个键都是C,没有H
3楼2011-03-30 13:39:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)



ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-30 12:48:54
绿茶QJM(金币+1): 2011-03-30 13:38:38
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-29 18:11:43:
在AUTODOCK 4.0做对接,对接完成后看蛋白与配体相互作用的时候,有一个氢键形成,是蛋白中的一个蛋氨酸上的-S-与配体中的-O-形成氢键

查看TXT文本,该S原子的类型为 SD

    求助解释下,S与O是如何形成氢键 ...

如果氧上有氢就可以
2楼2011-03-30 06:24:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)


★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-04-01 12:28:42
绿茶QJM(金币+2): 2011-04-02 19:27:46
引用回帖:
Originally posted by 绿茶QJM at 2011-03-30 13:39:13:
这两个原子所接的两个键都是C,没有H

如果两个杂原子间距(小于两个氢键键长)和角度在一定范围内,很多软件会认为它们能通过H原子介导形成氢键相互作用,即共用一个氢原子,各软件定义的范围不同,此氢原子亦可来自于水分子,当然你对接过程中可能没有添加水分子,实际上分子间空隙是会填充水的。
4楼2011-03-31 00:46:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)



ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-01 12:28:53
绿茶QJM(金币+1): 2011-04-02 19:27:51
另外建议你用Sybyl看氢键会好一些
5楼2011-03-31 00:47:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 297工科调剂? +13 河南农业大学-能 2026-04-13 13/650 2026-04-14 16:46 by Art1977
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 食品与营养(0955)271求调剂 +15 升格阿达 2026-04-12 16/800 2026-04-14 13:18 by 浮若_安生
[考研] 机械工程313分找工科调剂 +4 双一流本科机械 2026-04-08 4/200 2026-04-14 07:32 by Abskk
[考研] 本科西工大 324求调剂 +5 wysyjs25 2026-04-10 5/250 2026-04-13 23:08 by pies112
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 材料考研调剂 +29 云木达达 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 13:32 by lyh鲁老师
[考研] 290求调剂 +18 柯淮然 2026-04-12 20/1000 2026-04-13 12:56 by cyh—315
[考研] 生物学调剂,一志愿西南大学348,Top期刊一区二作、二区三作,三等奖学金三次 +5 candyyyi 2026-04-09 5/250 2026-04-13 09:02 by 可淡不可忘
[考研] 296求调剂 +14 汪!?! 2026-04-10 16/800 2026-04-12 10:48 by zhouyuwinner
[考研] 085410 273求调剂 +10 X1999 2026-04-09 10/500 2026-04-12 09:24 by 逆水乘风
[考研] 材料与化工300求调剂 +39 肖开文 2026-04-09 43/2150 2026-04-12 01:30 by 秋豆菜芽
[考研] 293求调剂 +6 勇远库爱314 2026-04-08 6/300 2026-04-11 10:08 by zhq0425
[考研] 337求调剂 +4 研s. 2026-04-10 4/200 2026-04-11 08:57 by zhq0425
[考研] 346,工科0854求调剂,专硕 +7 moser233 2026-04-10 8/400 2026-04-11 08:52 by 猪会飞
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 调剂 +19 小张ZA 2026-04-10 20/1000 2026-04-10 22:08 by 猪会飞
[考研] 求调剂 材料与工程 324分 专硕 +19 翩翩一书生 2026-04-10 21/1050 2026-04-10 11:41 by wp06
[考研] 初试分332,一志愿报考西北工业大学, +11 故人?? 2026-04-09 11/550 2026-04-09 21:54 by JineShine
[考研] 331求调剂 +5 luoxin0706. 2026-04-08 5/250 2026-04-08 22:15 by zhouyuwinner
信息提示
请填处理意见