24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2901  |  回复: 9

lanying

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】autodock计算的结果重复性不好已有6人参与

用autodock做对接,相同配体和受体多次重复的结果相差很大,不知道是什么原因,有高手可以给说一下是什么原因吗?所有的条件都没有变,只是简单地重复,相差2-3个数量级。当然不是每次都是相差这么大,有几次相近,另几次差距较大。谢谢
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-12 18:54:56
本帖内容被屏蔽

2楼2010-10-12 17:57:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-13 10:17:26
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数,因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多,每次对接结果的数量级水平应该差不多,lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多?

楼上的看法有理,我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧?

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

3楼2010-10-12 18:55:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问一下各位,怎样将autodock做出来的结果图保存成pdb格式呢?谢谢了
4楼2010-10-13 10:49:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lanying

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数,因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多,每次对接结果的数量级水平应该差不多,lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多?

对接的次数是100次,其他的条件都是默认的,应该不是次数不够的原因。我问过一些人,大家都没有遇到过这种情况。我的配体中间部分是刚性的,外围有4-8个取代基链条,会不会是因为分子刚性太大的原因,谢谢!
5楼2010-10-14 10:41:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-10-14 20:05:43
本帖内容被屏蔽

6楼2010-10-14 15:53:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:10:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ding1211dl

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-10-12 18:55:34
楼上的看法有理,我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧?...

对接次数怎么设置呢?
8楼2020-06-30 17:34:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
送红花一朵
本帖内容被屏蔽

9楼2022-06-03 22:56:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

10楼2022-06-03 22:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lanying 的主题更新
普通表情 高级回复(可上传附件)
信息提示
请填处理意见