应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock计算的结果重复性不好
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
101/1返回列表
查看: 3211  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

lanying

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】autodock计算的结果重复性不好 已有6人参与

用autodock做对接，相同配体和受体多次重复的结果相差很大，不知道是什么原因，有高手可以给说一下是什么原因吗？所有的条件都没有变，只是简单地重复，相差2-3个数量级。当然不是每次都是相差这么大，有几次相近，另几次差距较大。谢谢
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-12 15:46:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-12 18:54:56
本帖内容被屏蔽
2楼2010-10-12 17:57:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-13 10:17:26
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数，因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多，每次对接结果的数量级水平应该差不多，lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多？

楼上的看法有理，我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧？
赞一下(2人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

天不负者
3楼2010-10-12 18:55:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
请问一下各位，怎样将autodock做出来的结果图保存成pdb格式呢？谢谢了
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2010-10-13 10:49:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lanying

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数，因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多，每次对接结果的数量级水平应该差不多，lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多？

对接的次数是100次，其他的条件都是默认的，应该不是次数不够的原因。我问过一些人，大家都没有遇到过这种情况。我的配体中间部分是刚性的，外围有4-8个取代基链条，会不会是因为分子刚性太大的原因，谢谢！
赞一下 回复此楼
5楼2010-10-14 10:41:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 2010-10-14 20:05:43
本帖内容被屏蔽
6楼2010-10-14 15:53:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:10:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Ding1211dl

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-10-12 18:55:34
楼上的看法有理，我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧？...

对接次数怎么设置呢？
赞一下 回复此楼
8楼2020-06-30 17:34:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天不负者

禁虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
本帖内容被屏蔽
9楼2022-06-03 22:56:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

天不负者

禁虫
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
10楼2022-06-03 22:58:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lanying 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 282求调剂 +7 aaa车辆 2026-04-02 11/550 2026-04-05 17:24 by yulian1987
[考研] 一志愿上海海洋大学083200食品学硕，求调剂，接受其他专业083200 +4 what张 2026-04-04 5/250 2026-04-05 14:07 by chw1980_0
[考研] 0703调剂 +11 拾玖壹 2026-04-04 12/600 2026-04-05 10:29 by 果冻大王
[考研] 材料与化工363求推荐 +7 zh096 2026-04-04 7/350 2026-04-05 09:11 by 陌秋26
[考研] 材料调剂 +11 一样YWY 2026-04-02 13/650 2026-04-04 23:10 by 无际的草原
[考研] 11408,335分，本科211，求调剂，可转专业 +5 鳄梨大鳄鱼 2026-04-03 5/250 2026-04-04 22:49 by chongya
[考研] 0703求调剂383分 +8 W55j 2026-04-03 8/400 2026-04-04 20:09 by xhai2011
[考研] 363求调剂 +7 zh096 2026-04-04 7/350 2026-04-04 17:13 by dongzh2009
[考研] 求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319 +21 678lucky 2026-03-31 26/1300 2026-04-04 16:22 by dongzh2009
[考研] 22408，264求调剂 +3 ywh729 2026-04-03 4/200 2026-04-04 11:04 by ywh729
[考研] 考研调剂 +5 小sun要好运 2026-04-03 5/250 2026-04-03 21:43 by 啵啵啵0119
[考研] 266分，一志愿电气工程，本科材料，求材料专业调剂 +9 哇呼哼呼哼 2026-04-02 9/450 2026-04-03 12:05 by 1753564080
[考研] 296求调剂 +4 sdhu 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:29 by baoball
[考研] 一志愿北京科技材料科学与工程288分，求调剂 +14 是辰啊 2026-04-02 14/700 2026-04-02 21:10 by dongzh2009
[考研] 0710生物学，325求调剂 +3 mkkkkkl 2026-04-01 3/150 2026-04-02 09:48 by Jaylen.
[考研] 08生物与医药专硕初试346找调剂 +6 dianeeee 2026-04-01 7/350 2026-04-02 08:23 by guoweigw
[考研] 0817化工学硕调剂 +11 努力上岸中！ 2026-03-31 11/550 2026-04-01 20:30 by 赖春艳
[考研] 复试调剂 +7 双马尾痞老板2 2026-03-31 7/350 2026-03-31 19:49 by Dyhoer
[考研] 一志愿中海洋320化学工程与技术学硕求调剂 +8 披星河 2026-03-30 8/400 2026-03-31 08:53 by lbsjt
[考研] 一志愿食品科学与工程083200求调剂 +4 XQTJZ 2026-03-30 4/200 2026-03-31 04:10 by fmesaito
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭