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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock计算的结果重复性不好
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lanying

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】autodock计算的结果重复性不好 已有6人参与

用autodock做对接，相同配体和受体多次重复的结果相差很大，不知道是什么原因，有高手可以给说一下是什么原因吗？所有的条件都没有变，只是简单地重复，相差2-3个数量级。当然不是每次都是相差这么大，有几次相近，另几次差距较大。谢谢
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1楼 2010-10-12 15:46:18
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
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zh1987hs(金币+2):谢谢 2010-10-12 18:54:56
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2楼2010-10-12 17:57:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
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ghcacj(金币+2):谢谢 2010-10-13 10:17:26
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数，因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多，每次对接结果的数量级水平应该差不多，lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多？

楼上的看法有理，我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧？
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天不负者
3楼2010-10-12 18:55:34
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
★
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请问一下各位，怎样将autodock做出来的结果图保存成pdb格式呢？谢谢了
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4楼2010-10-13 10:49:35
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lanying

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by ferlich at 2010-10-12 17:57:20:
autodock每次对接时都会使用随机数，因而每次对接的结果都不会完全相同
但是总体上来讲只要对接的次数足够多，每次对接结果的数量级水平应该差不多，lz多次重复的结果相差很大的话是不是你每次对接的轮数不够多？

对接的次数是100次，其他的条件都是默认的，应该不是次数不够的原因。我问过一些人，大家都没有遇到过这种情况。我的配体中间部分是刚性的，外围有4-8个取代基链条，会不会是因为分子刚性太大的原因，谢谢！
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5楼2010-10-14 10:41:00
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★ ★
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lei0736(金币+2):谢谢 2010-10-14 20:05:43
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6楼2010-10-14 15:53:56
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 20:10:40
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Ding1211dl

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
3楼: Originally posted by zh1987hs at 2010-10-12 18:55:34
楼上的看法有理，我一般每个对接做100次~重复性还是不错的~楼主每次不能只做一次对接吧？...

对接次数怎么设置呢？
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8楼2020-06-30 17:34:56
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天不负者

禁虫
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9楼2022-06-03 22:56:36
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天不负者

禁虫
★
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10楼2022-06-03 22:58:39
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