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czx12czx

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些? 已有7人参与

如题,我在一篇文章里看到作者用GOLD给出结合自由能,但我自己试的时候没看见打分给出自由能这一项,不知道有什么软件能计算集合自由能?(除了autodock)
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weipiaoxue

银虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-06 17:05:20
有的不一定得出的就是能量值,一些打分和能量也许是有一定联系的
2楼2010-05-06 16:32:05
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-07 08:26:32
原来的Insight2005(现在的DS)中的docking,可以给出两者相互作用能。包括静电能和范德华能。
除了你的亲人,没有人应该对你好,对你好的人,一定要珍惜。
3楼2010-05-07 06:51:58
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Superox

新虫 (初入文坛)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-10-15 10:05:26
amber中的一个插件也可以。
4楼2010-10-15 09:09:59
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-23 12:31:10
dock也能算,MM/PBSA打分,另外schrodinger旗下的macromodel模块,prime模块都能算binding energy。
5楼2010-11-22 20:04:16
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caixin5120

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:44:45
我想说,Autodock给出的结合自由能 仅仅是一个打分函数! 很粗略的

这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好的一个标准。

就如同GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的chemscore    GOLD socre   Cscore 等等这样的打分函数!

是由半经验公式得到的,并不能准确的描述结合的自由能。
6楼2010-12-10 01:09:38
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
嗯,其实模拟软件各有优点,autodock的优点是快,适合virtual screening,如果你要专门研究一个配体受体的结合情况,除了autodock还要借助更高级的软件,像amber,namd等等,软件很多方法很多,找准一个,精通就可以啦
7楼2013-04-06 15:01:11
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lrf1980

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
CHARMM应该是目前能计算结合自由能最好的软件,而且还包含了溶剂体系。
8楼2013-04-06 18:56:30
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