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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
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czx12czx

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？已有7人参与

如题，我在一篇文章里看到作者用GOLD给出结合自由能，但我自己试的时候没看见打分给出自由能这一项，不知道有什么软件能计算集合自由能？（除了autodock）
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1楼2010-05-06 13:18:43
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weipiaoxue

银虫 (初入文坛)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-06 17:05:20
有的不一定得出的就是能量值，一些打分和能量也许是有一定联系的
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2楼2010-05-06 16:32:05
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-07 08:26:32
原来的Insight2005（现在的DS）中的docking，可以给出两者相互作用能。包括静电能和范德华能。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-05-07 06:51:58
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Superox

新虫 (初入文坛)
★ ★
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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-10-15 10:05:26
amber中的一个插件也可以。
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4楼2010-10-15 09:09:59
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xbjyccnu

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
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zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-23 12:31:10
dock也能算，MM/PBSA打分，另外schrodinger旗下的macromodel模块，prime模块都能算binding energy。
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5楼2010-11-22 20:04:16
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:44:45
我想说，Autodock给出的结合自由能 仅仅是一个打分函数！ 很粗略的

这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好的一个标准。

就如同GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的chemscore    GOLD socre   Cscore 等等这样的打分函数！

是由半经验公式得到的，并不能准确的描述结合的自由能。
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6楼2010-12-10 01:09:38
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jiangdafa

新虫 (初入文坛)
★
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嗯，其实模拟软件各有优点，autodock的优点是快，适合virtual screening，如果你要专门研究一个配体受体的结合情况，除了autodock还要借助更高级的软件，像amber，namd等等，软件很多方法很多，找准一个，精通就可以啦
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7楼2013-04-06 15:01:11
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
CHARMM应该是目前能计算结合自由能最好的软件，而且还包含了溶剂体系。
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8楼2013-04-06 18:56:30
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