应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？
81/1返回列表
查看: 3332  |  回复: 7
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

czx12czx

新虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】能够计算结合自由能的分子对接软件除了autodock还有哪些？已有7人参与

如题，我在一篇文章里看到作者用GOLD给出结合自由能，但我自己试的时候没看见打分给出自由能这一项，不知道有什么软件能计算集合自由能？（除了autodock）
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2010-05-06 13:18:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

weipiaoxue

银虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-06 17:05:20
有的不一定得出的就是能量值，一些打分和能量也许是有一定联系的
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2010-05-06 16:32:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-05-07 08:26:32
原来的Insight2005（现在的DS）中的docking，可以给出两者相互作用能。包括静电能和范德华能。
赞一下(2人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
3楼2010-05-07 06:51:58
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Superox

新虫 (初入文坛)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-10-15 10:05:26
amber中的一个插件也可以。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-10-15 09:09:59
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

xbjyccnu

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zh1987hs(金币+3):谢谢 2010-11-23 12:31:10
dock也能算，MM/PBSA打分，另外schrodinger旗下的macromodel模块，prime模块都能算binding energy。
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-11-22 20:04:16
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-12-10 10:44:45
我想说，Autodock给出的结合自由能 仅仅是一个打分函数！ 很粗略的

这个仅仅用来评判小分子与受体结合得是否好的一个标准。

就如同GOLD 或者 Surflex 等对接软件给出的chemscore    GOLD socre   Cscore 等等这样的打分函数！

是由半经验公式得到的，并不能准确的描述结合的自由能。
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-12-10 01:09:38
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiangdafa

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
嗯，其实模拟软件各有优点，autodock的优点是快，适合virtual screening，如果你要专门研究一个配体受体的结合情况，除了autodock还要借助更高级的软件，像amber，namd等等，软件很多方法很多，找准一个，精通就可以啦
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-06 15:01:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
CHARMM应该是目前能计算结合自由能最好的软件，而且还包含了溶剂体系。
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-06 18:56:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 czx12czx 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件)
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭