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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] autodock安装好后导入分子为什么不对(附图)

因为,要使用AUTODOCK,所以参考网上资料,学着安装AUTODOCK和AUTODOCKTOOLS,具体参考步骤如下(见附件)。
     安装完毕后,打开ADT,界面倒是和网上的一样。问题是通过File→Read Molecule导入分子后,分子呈现的是灰色的,而且固定无法转动。并且按照Select→Select From String,Add→Dismiss,Edit→Delete→Delete AtomSet→Continue去水,界面上的分子就消失了。
    所导入的分子是从CCDC上找的,通过格式转化成pdb格式。
    我已经弄了两天了,实在没办法,请各位帮忙看下,到底是怎么回事,谢谢哈。

[ Last edited by 可米kemi on 2011-8-24 at 23:31 ]
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可米kemi

银虫 (小有名气)

自己顶下。
2楼2011-08-25 12:13:16
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可米kemi

银虫 (小有名气)

再顶下,会不会是官网上的下载方式已经过时了?那有没有最新的呢?
3楼2011-08-25 17:38:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
可米kemi(金币+5): 谢谢指教哈。 2011-08-30 11:04:30
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-30 15:59:56
可米kemi(金币+15): 2011-08-31 10:27:07
Select→Select From String,Add→Dismiss,Edit→Delete→Delete AtomSet→Continue去水,去个水有这么复杂吗?俺以前都是在PYMOL里把水给去掉的
4楼2011-08-26 20:05:30
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可米kemi

银虫 (小有名气)

我也是在官方网站上学的。后来没办法改用Accelrys软件手动去水了。但现在去水加氢后,存为pdb格式,然后分别用ligand和grid还是无法导入,再加上之前用file导入的分子无法转动,我一直在猜是不是软件哪里没安装好。
5楼2011-08-26 21:41:49
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可米kemi

银虫 (小有名气)

找到原因,用ligand和grid导入的时候,下面的格式得改成pdb的才行。
6楼2011-08-29 21:18:28
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chemozhang

木虫 (正式写手)

帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集
故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 18:34:16
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505263584

木虫 (小有名气)

你好,我刚开始学习这个,发现和你帖子里一样的问题,没看懂你是怎么解决的,能不能麻烦你说明一下呢!谢谢
8楼2011-10-11 20:06:36
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可米kemi

银虫 (小有名气)

你指哪方面呢?安装的话,我实在解决不了了,同样的方法,其他电脑可以我的就是不行。以为是电脑系统问题,结果重装甚至格式后,更糟了,连开都开不进去了。
9楼2011-10-11 21:28:01
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arthurii

木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 可米kemi at 2011-10-11 21:28:01:
你指哪方面呢?安装的话,我实在解决不了了,同样的方法,其他电脑可以我的就是不行。以为是电脑系统问题,结果重装甚至格式后,更糟了,连开都开不进去了。

windows下用autodock,显卡假如是A卡很容易不兼容,然后就打开不能的
10楼2011-10-12 12:30:31
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