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可米kemi

银虫 (小有名气)

[求助] autodock安装好后导入分子为什么不对（附图）

因为，要使用AUTODOCK，所以参考网上资料，学着安装AUTODOCK和AUTODOCKTOOLS，具体参考步骤如下（见附件）。
     安装完毕后，打开ADT，界面倒是和网上的一样。问题是通过File→Read Molecule导入分子后，分子呈现的是灰色的，而且固定无法转动。并且按照Select→Select From String，Add→Dismiss，Edit→Delete→Delete AtomSet→Continue去水，界面上的分子就消失了。
    所导入的分子是从CCDC上找的，通过格式转化成pdb格式。
    我已经弄了两天了，实在没办法，请各位帮忙看下，到底是怎么回事，谢谢哈。

[ Last edited by 可米kemi on 2011-8-24 at 23:31 ]
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1楼 2011-08-24 21:43:29
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可米kemi

银虫 (小有名气)
自己顶下。
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2楼2011-08-25 12:13:16
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可米kemi

银虫 (小有名气)
再顶下，会不会是官网上的下载方式已经过时了？那有没有最新的呢？
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3楼2011-08-25 17:38:20
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★
可米kemi(金币+5): 谢谢指教哈。 2011-08-30 11:04:30
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-08-30 15:59:56
可米kemi(金币+15): 2011-08-31 10:27:07
Select→Select From String，Add→Dismiss，Edit→Delete→Delete AtomSet→Continue去水，去个水有这么复杂吗？俺以前都是在PYMOL里把水给去掉的
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4楼2011-08-26 20:05:30
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可米kemi

银虫 (小有名气)
我也是在官方网站上学的。后来没办法改用Accelrys软件手动去水了。但现在去水加氢后，存为pdb格式，然后分别用ligand和grid还是无法导入，再加上之前用file导入的分子无法转动，我一直在猜是不是软件哪里没安装好。
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5楼2011-08-26 21:41:49
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可米kemi

银虫 (小有名气)
找到原因，用ligand和grid导入的时候，下面的格式得改成pdb的才行。
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6楼2011-08-29 21:18:28
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
7楼2011-09-05 18:34:16
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505263584

木虫 (小有名气)
你好，我刚开始学习这个，发现和你帖子里一样的问题，没看懂你是怎么解决的，能不能麻烦你说明一下呢！谢谢
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8楼2011-10-11 20:06:36
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可米kemi

银虫 (小有名气)
你指哪方面呢？安装的话，我实在解决不了了，同样的方法，其他电脑可以我的就是不行。以为是电脑系统问题，结果重装甚至格式后，更糟了，连开都开不进去了。
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9楼2011-10-11 21:28:01
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arthurii

木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 可米kemi at 2011-10-11 21:28:01:
你指哪方面呢？安装的话，我实在解决不了了，同样的方法，其他电脑可以我的就是不行。以为是电脑系统问题，结果重装甚至格式后，更糟了，连开都开不进去了。

windows下用autodock，显卡假如是A卡很容易不兼容，然后就打开不能的
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10楼2011-10-12 12:30:31
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