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Autodock的操作流程---win下
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最近有很多的虫虫们加我要学习一下autodock的操作，所以为了以后更多的新虫们能好好的研究一下Autodock，我自己做了一个教程，在ishare，一下给出链接。 还有就是新手在操作的过程中遇到的问题 1.分子命名不要有空格或者其他非英文数字符号（不包括下划线） 2.在计算的过程中，文件要放在你读取分子时候默认的文件夹下，这样出错的几率较小 3.在计算的过程中，对于盒子的设计是能包括分子（自由旋转）和活性口袋 4.再保存pdb文件，教程中油相应的方法 5.选择算法，一般都是用LGA，如果你不知道哪儿是活性口袋，可以先模拟退火，再LGA 6.对于氢键，可以审定相应的能量限制，来显示你的图中是否有HBond，Autodock是能量限制的，其他软件有Distance限制的 7.安装的是，如果出现双击ADT图标的无法开启ADT界面的而出现DOS界面提示的continue或者是out of range（记不清了，就是溢出的），一般是安装的MGLTools的版本不对，你可以试一试1.5.4和1.5.6，如果还是不行的话，就关闭杀毒软件再装，或者是放置等待，一般过几天之后，自己就能运行了（原因不明） 8.结果，一般是看Ki和HBond，具体显示的，教程中有 9.安装的软件有Cygwin（4.2的好像可以不用安装了），python2.5（低版本能用的），MGLTools和Autodock的两个文件Autodock4.exe和Autogrid4.exe 10.不要称我是好人，好人没好报，最近一直没有好报，呵呵，为了让我有好报，就不要称我是好人啦 ，我只是比较热心而已 |
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2011-11-20 08:27:02, 6.88 M
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