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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock什么时候存在pi-pi interations？
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] autodock什么时候存在pi-pi interations？

请问高手：autodock什么时候存在pi-pi interations？做了很多组对接没发现有这种相互作用的，这种相互作用有什么作用？能说明哪些问题？谢谢
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Autodock

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坚持就是胜利
1楼2013-01-08 15:30:12
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回帖置顶 ( 共有1个 )

lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2013-01-09 14:26:49
这个affinity energy是比较容易误解，严格意义上来讲，应该计算一个体系的自由能变化，如果docking前后的自由能变化小于零，说明docking的构象是稳定的。但是autodock这个软件目前还不能严格计算docking前后的自由能变化。所以他们取了个affinity energy的概念。基本上也是个参考值。因为它也是负值。所以我说如果有pi-pi相互作用，就意味着docking后的体系更加的稳定，affinity energy更低。从某种意义上讲这个配体很有可能对这个蛋白有作用。目前能够真正计算自由能变化的还是charmm程序。但是这个程序很难学，功能多，足够的基础好像很难去使用。其它的docking 程序基本上都是采用各种模型和算法将自由能计算简化，然后出一个指标。像affinity energy, score, rsmd等等。

简单一句话，对于docking，一旦空间构象匹配，配体与蛋白质周围环境的残基相互作用越大，那么结合的可能性就越高。至于这种结合到底意味着什么，完全取决于你的体系蛋白口袋的特性。如果这个口袋已经有很多文献报道了它的生物活性，那么结合的越好，说明你的配体活性越高，如果这个口袋只是你自己找来学习docking的。要么你撞大运找到了蛋白的新活性位点，要么就什么都不是。纯粹给你乐一乐而已。
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7楼2013-01-09 13:59:09
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的。所以如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低。至于这种相互作用到底能说明什么问题，这个就仁者见仁，智者见智了。
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2楼2013-01-08 15:58:10
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hellenwu74

新虫 (初入文坛)
还想请上楼楼主解释一下PiSigma作用，和PiCation作用？
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3楼2013-01-08 16:21:33
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-08 15:58:10
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的 ...

谢谢，学习了
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坚持就是胜利
4楼2013-01-08 17:36:16
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-08 22:15:13
我建议你们去看看当初开发软件时发的文章。所有的相互作用什么的都会在文章的affinity energy计算公式里面体现。因为我也没有深入的了解这部分，对于pi-pi作用，只是我几个体系是有的，所以我比较清楚。对于pi-sigma，不了解，pi-cation我的理解是共轭体系跟离子之间的一种相互作用。这个在配位化学里面也常有。
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5楼2013-01-08 21:04:43
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-08 15:58:10
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的 ...

“如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低”请问这怎么解释？这种相互作用到底能说明什么问题，能举个例吗？或是文章，谢谢
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
6楼2013-01-08 22:49:53
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-09 14:26:58
至于例子，你找个蛋白质在口袋周围有苯环，然后找一些含有苯环或者大共轭体系的配体去docking一下。想小檗碱这类的东西跟很多的蛋白都可能存在pi-pi 相互作用的。
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8楼2013-01-09 14:02:12
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-09 14:27:18
其实pi-pi相互作用也好，氢键相互作用也好，范德华力也好，甚至是库伦力也好。在计算化学家眼里也就是一个对自由能变化贡献因素中的一种而已。只要参数都设置对了，最后都是看自由能的变化。如果体系自由能降低，那么配体docking上蛋白质就是一个自发的过程。只是在这些相互作用中不同种类的相互作用贡献的多少不同而已。一般是库伦力》氢键，pi-pi》范德华力。所以对于我们做分子设计的人，需要多多利用这些差异来设计分子。上海药物所他们曾经发表过一些文章阐述卤素在药物设计中的重要性。文章提到说卤素提供的相互作用类似于氢键的大小。但是比常规的氧或者氮受环境和条件影响小。具体文章记不得了，你可以网上查找一下。
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9楼2013-01-09 14:10:28
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2009050389

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-09 13:59:09
这个affinity energy是比较容易误解，严格意义上来讲，应该计算一个体系的自由能变化，如果docking前后的自由能变化小于零，说明docking的构象是稳定的。但是autodock这个软件目前还不能严格计算docking前后的自由能 ...

你好！我可以加你的QQ吗？有关autodock方面的知识我想问问您。我的是395942773，谢谢您了！
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看风景的男孩
10楼2013-03-13 18:56:05
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