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邓芳木虫 (小有名气)
木虫
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[求助]
autodock什么时候存在pi-pi interations？
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请问高手：autodock什么时候存在pi-pi interations？做了很多组对接没发现有这种相互作用的，这种相互作用有什么作用？能说明哪些问题？谢谢 |
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 Autodock |
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游子8921
铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
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6楼2013-01-08 22:49:53
lrf1980
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
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zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
| 首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的。所以如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低。至于这种相互作用到底能说明什么问题，这个就仁者见仁，智者见智了。 |
2楼2013-01-08 15:58:10
3楼2013-01-08 16:21:33
邓芳
木虫 (小有名气)
木虫
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4楼2013-01-08 17:36:16
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