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lrf1980

新虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2013-01-09 14:26:49

这个affinity energy是比较容易误解，严格意义上来讲，应该计算一个体系的自由能变化，如果docking前后的自由能变化小于零，说明docking的构象是稳定的。但是autodock这个软件目前还不能严格计算docking前后的自由能变化。所以他们取了个affinity energy的概念。基本上也是个参考值。因为它也是负值。所以我说如果有pi-pi相互作用，就意味着docking后的体系更加的稳定，affinity energy更低。从某种意义上讲这个配体很有可能对这个蛋白有作用。目前能够真正计算自由能变化的还是charmm程序。但是这个程序很难学，功能多，足够的基础好像很难去使用。其它的docking 程序基本上都是采用各种模型和算法将自由能计算简化，然后出一个指标。像affinity energy, score, rsmd等等。

简单一句话，对于docking，一旦空间构象匹配，配体与蛋白质周围环境的残基相互作用越大，那么结合的可能性就越高。至于这种结合到底意味着什么，完全取决于你的体系蛋白口袋的特性。如果这个口袋已经有很多文献报道了它的生物活性，那么结合的越好，说明你的配体活性越高，如果这个口袋只是你自己找来学习docking的。要么你撞大运找到了蛋白的新活性位点，要么就什么都不是。纯粹给你乐一乐而已。

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7楼2013-01-09 13:59:09

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