| 查看: 2512 | 回复: 9 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
邓芳木虫 (小有名气)
木虫
|
[求助]
autodock什么时候存在pi-pi interations？
|
||
请问高手：autodock什么时候存在pi-pi interations？做了很多组对接没发现有这种相互作用的，这种相互作用有什么作用？能说明哪些问题？谢谢 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 Autodock |
» 猜你喜欢
一志愿深大085601材料工程专业（专硕）300分可以调剂去哪
已经有12人回复
-
一志愿华东理工085601材料工程303分求调剂
已经有11人回复
-
266求调剂
已经有17人回复
-
324求调剂
已经有11人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有24人回复
-
机械专硕273请求调剂
已经有5人回复
-
求调剂材料科学与工程一志愿985初试365分
已经有3人回复
-
一志愿2110，化学学硕310分，本科重点双非求调剂
已经有10人回复
-
281求调剂
已经有10人回复
-
材料专硕322分
已经有12人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- autodock的安装
已经有10人回复
- Autodock的操作流程---win下
已经有565人回复
- Autodock时 gridbox的参数怎么设置??
已经有18人回复
- autodock安装好后导入分子为什么不对（附图）
已经有18人回复
- autodock运行时Can't create log file
已经有4人回复
- AutoDock的安装？
已经有7人回复
- 【求助】请教Autodock结果分析
已经有8人回复
- 【求助】Autodock分析请教
已经有17人回复
- 【讨论】弱弱的问一句，为什么ubuntu不适合做autodock的操作系统
已经有13人回复
- 【求助】autodock4 安装问题
已经有9人回复
- 【讨论】autodock运行时间过长
已经有12人回复
- 【求助】autodock计算的结果重复性不好
已经有9人回复
- 【求助】AUTODOCK的一个问题
已经有6人回复
- 【求助】关于Autodock的问题
已经有11人回复
- 【求助】关于Autodock中Grid中的问题
已经有9人回复
- 【原创】AutoDock使用笔记总结－原创始发
已经有32人回复
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2013-01-09 14:26:49
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2013-01-09 14:26:49
|
这个affinity energy是比较容易误解，严格意义上来讲，应该计算一个体系的自由能变化，如果docking前后的自由能变化小于零，说明docking的构象是稳定的。但是autodock这个软件目前还不能严格计算docking前后的自由能变化。所以他们取了个affinity energy的概念。基本上也是个参考值。因为它也是负值。所以我说如果有pi-pi相互作用，就意味着docking后的体系更加的稳定，affinity energy更低。从某种意义上讲这个配体很有可能对这个蛋白有作用。目前能够真正计算自由能变化的还是charmm程序。但是这个程序很难学，功能多，足够的基础好像很难去使用。其它的docking 程序基本上都是采用各种模型和算法将自由能计算简化，然后出一个指标。像affinity energy, score, rsmd等等。 简单一句话，对于docking，一旦空间构象匹配，配体与蛋白质周围环境的残基相互作用越大，那么结合的可能性就越高。至于这种结合到底意味着什么，完全取决于你的体系蛋白口袋的特性。如果这个口袋已经有很多文献报道了它的生物活性，那么结合的越好，说明你的配体活性越高，如果这个口袋只是你自己找来学习docking的。要么你撞大运找到了蛋白的新活性位点，要么就什么都不是。纯粹给你乐一乐而已。 |
7楼2013-01-09 13:59:09
lrf1980
新虫 (小有名气)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 41 (小学生)
- 金币: 1254.2
- 红花: 3
- 帖子: 136
- 在线: 52.5小时
- 虫号: 2060967
- 注册: 2012-10-14
- 专业: 药物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
| 首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的。所以如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低。至于这种相互作用到底能说明什么问题，这个就仁者见仁，智者见智了。 |
2楼2013-01-08 15:58:10
3楼2013-01-08 16:21:33
邓芳
木虫 (小有名气)
木虫
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1867.1
- 红花: 2
- 帖子: 108
- 在线: 41.8小时
- 虫号: 1499397
- 注册: 2011-11-19
- 性别: MM
- 专业: 化学计量学与化学信息学
4楼2013-01-08 17:36:16
