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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock什么时候存在pi-pi interations？
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] autodock什么时候存在pi-pi interations？

请问高手：autodock什么时候存在pi-pi interations？做了很多组对接没发现有这种相互作用的，这种相互作用有什么作用？能说明哪些问题？谢谢
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Autodock

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坚持就是胜利
1楼2013-01-08 15:30:12
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs: 金币+5, 模拟EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓励多多发言！ 2013-01-09 14:26:49
这个affinity energy是比较容易误解，严格意义上来讲，应该计算一个体系的自由能变化，如果docking前后的自由能变化小于零，说明docking的构象是稳定的。但是autodock这个软件目前还不能严格计算docking前后的自由能变化。所以他们取了个affinity energy的概念。基本上也是个参考值。因为它也是负值。所以我说如果有pi-pi相互作用，就意味着docking后的体系更加的稳定，affinity energy更低。从某种意义上讲这个配体很有可能对这个蛋白有作用。目前能够真正计算自由能变化的还是charmm程序。但是这个程序很难学，功能多，足够的基础好像很难去使用。其它的docking 程序基本上都是采用各种模型和算法将自由能计算简化，然后出一个指标。像affinity energy, score, rsmd等等。

简单一句话，对于docking，一旦空间构象匹配，配体与蛋白质周围环境的残基相互作用越大，那么结合的可能性就越高。至于这种结合到底意味着什么，完全取决于你的体系蛋白口袋的特性。如果这个口袋已经有很多文献报道了它的生物活性，那么结合的越好，说明你的配体活性越高，如果这个口袋只是你自己找来学习docking的。要么你撞大运找到了蛋白的新活性位点，要么就什么都不是。纯粹给你乐一乐而已。
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7楼2013-01-09 13:59:09
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的。所以如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低。至于这种相互作用到底能说明什么问题，这个就仁者见仁，智者见智了。
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2楼2013-01-08 15:58:10
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hellenwu74

新虫 (初入文坛)
还想请上楼楼主解释一下PiSigma作用，和PiCation作用？
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3楼2013-01-08 16:21:33
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-08 15:58:10
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的 ...

谢谢，学习了
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坚持就是胜利
4楼2013-01-08 17:36:16
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