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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock运行时间过长
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gql119

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】autodock运行时间过长 已有4人参与

大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？
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1楼 2010-10-15 11:06:45
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★
gql119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-15 16:08:31
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:13:00
运行40多分钟应该比较正常, 12h? 有点长
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3楼2010-10-15 15:09:01
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普通回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
gql119(金币+1):谢谢参与
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:10:48
引用回帖:
Originally posted by gql119 at 2010-10-15 11:06:45:
大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下
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2楼2010-10-15 11:18:10
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
估计你是在windows下做的，会有这样情况出现。如果不是程序的问题，建议将其它的应用关掉。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-10-15 17:14:15
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-10-15 11:18:10:

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下

是的，是在windows下操作的，CPU Dual-Core      2G内存  WinXP的
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5楼2010-10-15 21:16:15
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yaohua009 at 2010-10-15 15:09:01:
运行40多分钟应该比较正常, 12h? 有点长

确实有点长，已经运行了一个晚上了。
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6楼2010-10-15 21:17:25
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-10-15 17:14:15:
估计你是在windows下做的，会有这样情况出现。如果不是程序的问题，建议将其它的应用关掉。

是的，其它程序都已经关掉了的，CPU的使用率为50%左右
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7楼2010-10-15 21:18:41
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gql119

铜虫 (小有名气)
由于运行过长，当打开它生成的文件时里面出现的这样的一句话：

ATOM      1  1      -7.622  -3.553  19.339 +0.00 +0.00    -0.345
ATOM      2  1      -8.572  -3.544  19.403 +0.00 +0.00    +0.219
ATOM      3  1      -7.201  -2.404  18.787 +0.00 +0.00    +0.156
ATOM      4  1      -8.099  -1.335  18.555 +0.00 +0.00    +0.077
ATOM      5  1      -7.529  -0.163  17.975 +0.00 +0.00    +0.137
ATOM      6  1      -9.488  -1.051  18.744 +0.00 +0.00    +0.126
ATOM      7  1      -8.561   0.757  17.842 +0.00 +0.00    -0.285
ATOM      8  1      -6.193  -0.042  17.638 +0.00 +0.00    -0.337
ATOM      9  1      -9.729   0.201  18.311 +0.00 +0.00    -0.309
ATOM     10  1      -8.541   1.678  17.487 +0.00 +0.00    +0.188
ATOM     11  1     -10.637   0.665  18.328 +0.00 +0.00    +0.186
ATOM     12  1      -5.433  -1.113  17.893 +0.00 +0.00    +0.184
ATOM     13  1      -5.812   0.808  17.222 +0.00 +0.00    +0.168
ATOM     14  1      -5.893  -2.288  18.459 +0.00 +0.00    -0.332
ATOM     15  1      -5.252  -3.063  18.627 +0.00 +0.00    +0.168
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!
而且循环的error，内容都跟上面的相同，到底是哪里出问题了呢？？？
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8楼2010-10-15 21:23:40
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好像是你的配体有问题，加电荷和赋力场如何做的？
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
9楼2010-10-16 09:30:44
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-10-16 09:30:44:
好像是你的配体有问题，加电荷和赋力场如何做的？

按教程做的，里面也没说立场是什么，电荷是在生成PDBQT过程中自动加上的为Gasteiger电荷。
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10楼2010-10-16 13:55:42
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