应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock运行时间过长
131/2返回列表12下一页
查看: 2725  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

gql119

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】autodock运行时间过长 已有4人参与

大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-15 11:06:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★
gql119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-15 16:08:31
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:13:00
运行40多分钟应该比较正常, 12h? 有点长
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2010-10-15 15:09:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
gql119(金币+1):谢谢参与
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:10:48
引用回帖:
Originally posted by gql119 at 2010-10-15 11:06:45:
大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-10-15 11:18:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
估计你是在windows下做的，会有这样情况出现。如果不是程序的问题，建议将其它的应用关掉。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-10-15 17:14:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-10-15 11:18:10:

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下

是的，是在windows下操作的，CPU Dual-Core      2G内存  WinXP的
赞一下 回复此楼
5楼2010-10-15 21:16:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yaohua009 at 2010-10-15 15:09:01:
运行40多分钟应该比较正常, 12h? 有点长

确实有点长，已经运行了一个晚上了。
赞一下 回复此楼
6楼2010-10-15 21:17:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-10-15 17:14:15:
估计你是在windows下做的，会有这样情况出现。如果不是程序的问题，建议将其它的应用关掉。

是的，其它程序都已经关掉了的，CPU的使用率为50%左右
赞一下 回复此楼
7楼2010-10-15 21:18:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gql119

铜虫 (小有名气)
由于运行过长，当打开它生成的文件时里面出现的这样的一句话：

ATOM      1  1      -7.622  -3.553  19.339 +0.00 +0.00    -0.345
ATOM      2  1      -8.572  -3.544  19.403 +0.00 +0.00    +0.219
ATOM      3  1      -7.201  -2.404  18.787 +0.00 +0.00    +0.156
ATOM      4  1      -8.099  -1.335  18.555 +0.00 +0.00    +0.077
ATOM      5  1      -7.529  -0.163  17.975 +0.00 +0.00    +0.137
ATOM      6  1      -9.488  -1.051  18.744 +0.00 +0.00    +0.126
ATOM      7  1      -8.561   0.757  17.842 +0.00 +0.00    -0.285
ATOM      8  1      -6.193  -0.042  17.638 +0.00 +0.00    -0.337
ATOM      9  1      -9.729   0.201  18.311 +0.00 +0.00    -0.309
ATOM     10  1      -8.541   1.678  17.487 +0.00 +0.00    +0.188
ATOM     11  1     -10.637   0.665  18.328 +0.00 +0.00    +0.186
ATOM     12  1      -5.433  -1.113  17.893 +0.00 +0.00    +0.184
ATOM     13  1      -5.812   0.808  17.222 +0.00 +0.00    +0.168
ATOM     14  1      -5.893  -2.288  18.459 +0.00 +0.00    -0.332
ATOM     15  1      -5.252  -3.063  18.627 +0.00 +0.00    +0.168
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!
而且循环的error，内容都跟上面的相同，到底是哪里出问题了呢？？？
赞一下 回复此楼
8楼2010-10-15 21:23:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好像是你的配体有问题，加电荷和赋力场如何做的？
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
9楼2010-10-16 09:30:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-10-16 09:30:44:
好像是你的配体有问题，加电荷和赋力场如何做的？

按教程做的，里面也没说立场是什么，电荷是在生成PDBQT过程中自动加上的为Gasteiger电荷。
赞一下 回复此楼
10楼2010-10-16 13:55:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 gql119 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0703化学调剂 +4 18889395102 2026-03-18 4/200 2026-03-19 16:13 by 30660438
[考研] 304求调剂 +3 曼殊2266 2026-03-18 3/150 2026-03-19 14:42 by peike
[考研] 085600材料与化工求调剂 +6 绪幸与子 2026-03-17 6/300 2026-03-19 13:27 by houyaoxu
[考研] 281求调剂（0805） +9 烟汐忆海 2026-03-16 19/950 2026-03-19 11:42 by laoshidan
[考研] 材料考研调剂 +3 xwt。 2026-03-19 3/150 2026-03-19 11:22 by w沐阳w
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 0817调剂 +3 没有答案_ 2026-03-14 3/150 2026-03-19 09:51 by Xu de nuo
[考研] 0703化学调剂，求各位老师收留 +10 秋有木北 2026-03-14 10/500 2026-03-19 05:52 by anny19840123
[考研] 085410人工智能专硕317求调剂（0854都可以） +3 xbxudjdn 2026-03-18 3/150 2026-03-18 22:14 by zhq0425
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 290求调剂 +3 p asserby. 2026-03-15 4/200 2026-03-17 16:35 by wangkm
[考研] 302求调剂 +4 小贾同学123 2026-03-15 8/400 2026-03-17 10:33 by 小贾同学123
[考研] 304求调剂 +5 素年祭语 2026-03-15 5/250 2026-03-16 17:00 by 我的船我的海
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 0856专硕279求调剂 +5 加油加油！? 2026-03-15 5/250 2026-03-15 11:58 by 2020015
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 070305求调剂 +3 mlpqaz03 2026-03-14 4/200 2026-03-15 11:04 by peike
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭