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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock运行时间过长
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gql119

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】autodock运行时间过长 已有4人参与

大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？
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1楼 2010-10-15 11:06:45
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gql119

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-10-16 09:30:44:
好像是你的配体有问题，加电荷和赋力场如何做的？

按教程做的，里面也没说立场是什么，电荷是在生成PDBQT过程中自动加上的为Gasteiger电荷。
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10楼2010-10-16 13:55:42
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
gql119(金币+1):谢谢参与
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:10:48
引用回帖:
Originally posted by gql119 at 2010-10-15 11:06:45:
大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-10-15 11:18:10
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yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★
gql119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-15 16:08:31
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:13:00
运行40多分钟应该比较正常, 12h? 有点长
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2010-10-15 15:09:01
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tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
估计你是在windows下做的，会有这样情况出现。如果不是程序的问题，建议将其它的应用关掉。
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除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-10-15 17:14:15
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