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gql119

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【讨论】autodock运行时间过长已有4人参与

大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

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1楼 2010-10-15 11:06:45

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gql119

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引用回帖:

Originally posted by tjegg at 2010-10-16 09:30:44:
好像是你的配体有问题，加电荷和赋力场如何做的？

按教程做的，里面也没说立场是什么，电荷是在生成PDBQT过程中自动加上的为Gasteiger电荷。

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10楼2010-10-16 13:55:42

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zh1987hs

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gql119(金币+1):谢谢参与
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:10:48

引用回帖:

Originally posted by gql119 at 2010-10-15 11:06:45:
大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下

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2楼2010-10-15 11:18:10

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