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【讨论】autodock运行时间过长 已有4人参与
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| 大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？ |
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5楼2010-10-15 21:16:15
6楼2010-10-15 21:17:25
7楼2010-10-15 21:18:41
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由于运行过长，当打开它生成的文件时里面出现的这样的一句话： ATOM 1 1 -7.622 -3.553 19.339 +0.00 +0.00 -0.345 ATOM 2 1 -8.572 -3.544 19.403 +0.00 +0.00 +0.219 ATOM 3 1 -7.201 -2.404 18.787 +0.00 +0.00 +0.156 ATOM 4 1 -8.099 -1.335 18.555 +0.00 +0.00 +0.077 ATOM 5 1 -7.529 -0.163 17.975 +0.00 +0.00 +0.137 ATOM 6 1 -9.488 -1.051 18.744 +0.00 +0.00 +0.126 ATOM 7 1 -8.561 0.757 17.842 +0.00 +0.00 -0.285 ATOM 8 1 -6.193 -0.042 17.638 +0.00 +0.00 -0.337 ATOM 9 1 -9.729 0.201 18.311 +0.00 +0.00 -0.309 ATOM 10 1 -8.541 1.678 17.487 +0.00 +0.00 +0.188 ATOM 11 1 -10.637 0.665 18.328 +0.00 +0.00 +0.186 ATOM 12 1 -5.433 -1.113 17.893 +0.00 +0.00 +0.184 ATOM 13 1 -5.812 0.808 17.222 +0.00 +0.00 +0.168 ATOM 14 1 -5.893 -2.288 18.459 +0.00 +0.00 -0.332 ATOM 15 1 -5.252 -3.063 18.627 +0.00 +0.00 +0.168 eval.cc: ERROR! energy is infinite! 而且循环的error，内容都跟上面的相同，到底是哪里出问题了呢？？？  |
8楼2010-10-15 21:23:40
10楼2010-10-16 13:55:42