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gql119

铜虫 (小有名气)

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[交流] 【讨论】autodock运行时间过长已有4人参与

大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

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1楼2010-10-15 11:06:45

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gql119

铜虫 (小有名气)

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由于运行过长，当打开它生成的文件时里面出现的这样的一句话：

ATOM    1  1    -7.622  -3.553  19.339 +0.00 +0.00 -0.345
ATOM    2  1    -8.572  -3.544  19.403 +0.00 +0.00 +0.219
ATOM    3  1    -7.201  -2.404  18.787 +0.00 +0.00 +0.156
ATOM    4  1    -8.099  -1.335  18.555 +0.00 +0.00 +0.077
ATOM    5  1    -7.529  -0.163  17.975 +0.00 +0.00 +0.137
ATOM    6  1    -9.488  -1.051  18.744 +0.00 +0.00 +0.126
ATOM    7  1    -8.561 0.757  17.842 +0.00 +0.00 -0.285
ATOM    8  1    -6.193  -0.042  17.638 +0.00 +0.00 -0.337
ATOM    9  1    -9.729 0.201  18.311 +0.00 +0.00 -0.309
ATOM    10  1    -8.541 1.678  17.487 +0.00 +0.00 +0.188
ATOM    11  1    -10.637 0.665  18.328 +0.00 +0.00 +0.186
ATOM    12  1    -5.433  -1.113  17.893 +0.00 +0.00 +0.184
ATOM    13  1    -5.812 0.808  17.222 +0.00 +0.00 +0.168
ATOM    14  1    -5.893  -2.288  18.459 +0.00 +0.00 -0.332
ATOM    15  1    -5.252  -3.063  18.627 +0.00 +0.00 +0.168
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!
而且循环的error，内容都跟上面的相同，到底是哪里出问题了呢？？？

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8楼2010-10-15 21:23:40

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zh1987hs

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★
gql119(金币+1):谢谢参与
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:10:48

引用回帖:

Originally posted by gql119 at 2010-10-15 11:06:45:
大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下

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2楼2010-10-15 11:18:10

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