应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】autodock运行时间过长
51/1返回列表
查看: 2764  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gql119

铜虫 (小有名气)

[交流] 【讨论】autodock运行时间过长 已有4人参与

大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子对接问题锦集

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2010-10-15 11:06:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gql119

铜虫 (小有名气)
由于运行过长，当打开它生成的文件时里面出现的这样的一句话：

ATOM      1  1      -7.622  -3.553  19.339 +0.00 +0.00    -0.345
ATOM      2  1      -8.572  -3.544  19.403 +0.00 +0.00    +0.219
ATOM      3  1      -7.201  -2.404  18.787 +0.00 +0.00    +0.156
ATOM      4  1      -8.099  -1.335  18.555 +0.00 +0.00    +0.077
ATOM      5  1      -7.529  -0.163  17.975 +0.00 +0.00    +0.137
ATOM      6  1      -9.488  -1.051  18.744 +0.00 +0.00    +0.126
ATOM      7  1      -8.561   0.757  17.842 +0.00 +0.00    -0.285
ATOM      8  1      -6.193  -0.042  17.638 +0.00 +0.00    -0.337
ATOM      9  1      -9.729   0.201  18.311 +0.00 +0.00    -0.309
ATOM     10  1      -8.541   1.678  17.487 +0.00 +0.00    +0.188
ATOM     11  1     -10.637   0.665  18.328 +0.00 +0.00    +0.186
ATOM     12  1      -5.433  -1.113  17.893 +0.00 +0.00    +0.184
ATOM     13  1      -5.812   0.808  17.222 +0.00 +0.00    +0.168
ATOM     14  1      -5.893  -2.288  18.459 +0.00 +0.00    -0.332
ATOM     15  1      -5.252  -3.063  18.627 +0.00 +0.00    +0.168
eval.cc:  ERROR!  energy is infinite!
而且循环的error，内容都跟上面的相同，到底是哪里出问题了呢？？？
赞一下 回复此楼
8楼2010-10-15 21:23:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★
gql119(金币+1):谢谢参与
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:10:48
引用回帖:
Originally posted by gql119 at 2010-10-15 11:06:45:
大家好：我是刚刚接触autodock, 按网上教程来一步步做的，但当做到run-autodock这步时，运行时间达12个小时了，但还是没运行完，这是怎么回事儿呢，属于正常情况吗？难道说跟参数设置有关吗？

只要你的配置不是太低，这样的速度应该不太正常，你是在WIN下还是LINUX下？把你的机器配置再描述一下
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2010-10-15 11:18:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yaohua009

木虫 (著名写手)
★ ★
gql119(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-15 16:08:31
gql119(金币+1): 2010-10-15 21:13:00
运行40多分钟应该比较正常, 12h? 有点长
赞一下(3人) 回复此楼
3楼2010-10-15 15:09:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
gql119(金币+1):谢谢参与
估计你是在windows下做的，会有这样情况出现。如果不是程序的问题，建议将其它的应用关掉。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
4楼2010-10-15 17:14:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 292求调剂 +5 笑笑袁 2026-04-09 5/250 2026-04-09 11:23 by 紫曦紫棋
[考研] 0703总分331求调剂 +18 ZY-05 2026-04-04 22/1100 2026-04-09 09:09 by 哦哦123
[考研] 调剂 +16 2261744733 2026-04-08 16/800 2026-04-09 07:58 by Sammy2
[考研] 生物学328分求调剂 +9 闪电kkl 2026-04-08 10/500 2026-04-08 21:42 by liuhuiying09
[考研] 318求调剂 +13 ykyhsa 2026-04-05 15/750 2026-04-08 21:37 by wj165256
[考研] 315求调剂 +17 欣喜777 2026-04-04 18/900 2026-04-08 13:54 by hangsimei
[考研] 344求调剂 +11 魏子per 2026-04-07 11/550 2026-04-07 23:01 by JourneyLucky
[考博] 博士申请 +3 IQwQl 2026-04-05 3/150 2026-04-07 20:31 by greychen00
[考研] 复试调剂 +9 春日来信- 2026-04-03 9/450 2026-04-07 15:17 by 尽舜尧1
[考研] 292求调剂 +4 lilllllxccc 2026-04-05 5/250 2026-04-07 09:29 by 纺大杨老师
[考研] 327考研调剂推荐 +6 呜呜呜呜呢 2026-04-06 6/300 2026-04-06 21:39 by 啵啵啵0119
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +10 cs0106 2026-04-05 12/600 2026-04-06 19:41 by 无际的草原
[考研] 301求调剂 +3 XYPLR 2026-04-05 4/200 2026-04-05 19:07 by XYPLR
[考研] 321求调剂 +6 认真求上学 2026-04-03 6/300 2026-04-04 19:51 by dongzh2009
[考研] 调剂 +4 是可乐不是可乐 2026-04-04 4/200 2026-04-04 19:41 by 唐沐儿
[考研] 求调剂 +6 朔朔话 2026-04-02 7/350 2026-04-04 19:16 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿华中农业071010，总分320求调剂 +7 困困困困坤坤 2026-04-02 7/350 2026-04-03 17:26 by Yuena_Wang
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +7 相信必会光芒万� 2026-04-02 7/350 2026-04-03 16:48 by rzh123456
[考研] 274求调剂 +9 顺理成张 2026-04-03 10/500 2026-04-03 15:10 by 啊俊！
[考研] 一志愿复旦材料，英一专硕，总分357调剂 +4 1050389037 2026-04-02 5/250 2026-04-02 21:40 by dongzh2009
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭