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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock什么时候存在pi-pi interations？
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] autodock什么时候存在pi-pi interations？

请问高手：autodock什么时候存在pi-pi interations？做了很多组对接没发现有这种相互作用的，这种相互作用有什么作用？能说明哪些问题？谢谢
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坚持就是胜利
1楼 2013-01-08 15:30:12
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-01-09 14:26:58
至于例子，你找个蛋白质在口袋周围有苯环，然后找一些含有苯环或者大共轭体系的配体去docking一下。想小檗碱这类的东西跟很多的蛋白都可能存在pi-pi 相互作用的。
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8楼2013-01-09 14:02:12
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的。所以如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低。至于这种相互作用到底能说明什么问题，这个就仁者见仁，智者见智了。
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2楼2013-01-08 15:58:10
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hellenwu74

新虫 (初入文坛)
还想请上楼楼主解释一下PiSigma作用，和PiCation作用？
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3楼2013-01-08 16:21:33
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-08 15:58:10
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的 ...

谢谢，学习了
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坚持就是胜利
4楼2013-01-08 17:36:16
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