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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock什么时候存在pi-pi interations？
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] autodock什么时候存在pi-pi interations？

请问高手：autodock什么时候存在pi-pi interations？做了很多组对接没发现有这种相互作用的，这种相互作用有什么作用？能说明哪些问题？谢谢
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Autodock

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坚持就是胜利
1楼 2013-01-08 15:30:12
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2009050389

银虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-09 13:59:09
这个affinity energy是比较容易误解，严格意义上来讲，应该计算一个体系的自由能变化，如果docking前后的自由能变化小于零，说明docking的构象是稳定的。但是autodock这个软件目前还不能严格计算docking前后的自由能 ...

你好！我可以加你的QQ吗？有关autodock方面的知识我想问问您。我的是395942773，谢谢您了！
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看风景的男孩
10楼2013-03-13 18:56:05
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的。所以如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低。至于这种相互作用到底能说明什么问题，这个就仁者见仁，智者见智了。
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2楼2013-01-08 15:58:10
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hellenwu74

新虫 (初入文坛)
还想请上楼楼主解释一下PiSigma作用，和PiCation作用？
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3楼2013-01-08 16:21:33
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-08 15:58:10
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的 ...

谢谢，学习了
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坚持就是胜利
4楼2013-01-08 17:36:16
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