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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock什么时候存在pi-pi interations？
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫

[求助] autodock什么时候存在pi-pi interations？

请问高手：autodock什么时候存在pi-pi interations？做了很多组对接没发现有这种相互作用的，这种相互作用有什么作用？能说明哪些问题？谢谢
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Autodock

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坚持就是胜利
1楼2013-01-08 15:30:12
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lrf1980

新虫 (小有名气)
★ ★ ★
zh1987hs: 金币+3, 谢谢 2013-01-09 14:27:18
其实pi-pi相互作用也好，氢键相互作用也好，范德华力也好，甚至是库伦力也好。在计算化学家眼里也就是一个对自由能变化贡献因素中的一种而已。只要参数都设置对了，最后都是看自由能的变化。如果体系自由能降低，那么配体docking上蛋白质就是一个自发的过程。只是在这些相互作用中不同种类的相互作用贡献的多少不同而已。一般是库伦力》氢键，pi-pi》范德华力。所以对于我们做分子设计的人，需要多多利用这些差异来设计分子。上海药物所他们曾经发表过一些文章阐述卤素在药物设计中的重要性。文章提到说卤素提供的相互作用类似于氢键的大小。但是比常规的氧或者氮受环境和条件影响小。具体文章记不得了，你可以网上查找一下。
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9楼2013-01-09 14:10:28
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lrf1980

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
邓芳: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金币+4, 谢谢 2013-01-08 22:14:57
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的。所以如果体系有pi-pi相互作用，应该你的affinity energy相对会比较低。至于这种相互作用到底能说明什么问题，这个就仁者见仁，智者见智了。
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2楼2013-01-08 15:58:10
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hellenwu74

新虫 (初入文坛)
还想请上楼楼主解释一下PiSigma作用，和PiCation作用？
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3楼2013-01-08 16:21:33
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邓芳

木虫 (小有名气)

木虫
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-01-08 15:58:10
首先看看你的口袋周围是否有苯环残基，如果没有，是不可能出现pi-pi的。另外就是你的配体是不是有苯环或者更大的共轭体系。当两者都有的情况下，空间构象匹配就会出现pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量还是蛮大的 ...

谢谢，学习了
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坚持就是胜利
4楼2013-01-08 17:36:16
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