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gql119

铜虫 (小有名气)

[交流] 【其他】autodock 保存文件

大家好，十分感谢之前问题的共同讨论。现在我的autodock已经做到保存结构了，但在windows系统下ADT界面中用File-Save-Write PDB(或Write PDBQT）都出现对话框，提示当前界面的分子数多于一个，不能保存。请教如何在ADT中同时保存配体和受体的PDB文件，我做的十个结构能一起保存下来吗？
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1楼 2010-10-16 14:07:50
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
楼主，我也一直在找这个问题的答案，期待高手帮忙解决！跪谢了
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2楼2010-10-17 10:19:09
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viger87

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-10-27 11:50:48
gql119(金币+1):xiexie O(∩_∩)O谢谢 2010-11-22 18:51:58
1.

2.

3.
Write Complex



OK！
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有花堪折直须折，末待花落空折枝！
3楼2010-10-27 09:26:19
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我芹菜

铜虫 (小有名气)
为什么我只看到“Write Complex，OK”，请教楼上内容。。。
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我在过马路，你人在哪里。。。
4楼2010-10-27 16:24:24
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viger87

木虫 (正式写手)
★
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-10-28 08:06:22
引用回帖:
Originally posted by 我芹菜 at 2010-10-27 16:24:24:
为什么我只看到“Write Complex，OK”，请教楼上内容。。。

上面是图片，你看不到应该网络问题，刷新试试
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有花堪折直须折，末待花落空折枝！
5楼2010-10-28 07:58:22
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-11-01 09:25:23
gql119(金币+1):谢谢哈 2010-11-22 18:52:20
引用回帖:
Originally posted by gql119 at 2010-10-16 14:07:50:
大家好，十分感谢之前问题的共同讨论。现在我的autodock已经做到保存结构了，但在windows系统下ADT界面中用File-Save-Write PDB(或Write PDBQT）都出现对话框，提示当前界面的分子数多于一个，不能保存。请教如何 ...

提示当前页面的分子数多于一个时，你应该看看底下显示配体和受体的提示框里有几个配体，如果多于一个，把多的哪些delete就可以了，如果要保存所有构象，点击write all就可以了
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6楼2010-10-28 08:07:59
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zjz660964

铁虫 (初入文坛)
楼主人才啊
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7楼2010-10-28 10:24:52
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gaoqunqunl

金虫 (小有名气)
我这样试过了啊，可是还是没法保存呀
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8楼2010-11-01 09:18:45
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-12-10 10:35:59
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-10-28 08:07:59:

提示当前页面的分子数多于一个时，你应该看看底下显示配体和受体的提示框里有几个配体，如果多于一个，把多的哪些delete就可以了，如果要保存所有构象，点击write all就可以了

小周说的是正确的，因为你的adt里面分子多了，删除多余的，就可以保存了：） 还有给图的童鞋也是完全正确的，而且是更简单的做法！
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9楼2010-12-10 01:17:27
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petersen

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-12-10 10:36:13
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-10 15:42:03
引用回帖:
Originally posted by gaoqunqunl at 2010-11-01 09:18:45:
我这样试过了啊，可是还是没法保存呀

我还有一个办法：
把你想要的配体结构保存为pdb结构，这样你就不会有多余两个的什么的提示了，然后你把配体的坐标复制到你原来大分子pdb结构坐标的末尾，以TER隔开并以TER结尾，这样你就得到复合物的pdb结构了。注意的是如果你加入了柔性残基，那么柔性残基在对接的时候坐标是会变化的，那么在修改pdb结构的时候，你也需要把大分子的那些柔性残基的坐标也修改一下。
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10楼2010-12-10 10:16:58
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