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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【其他】autodock 保存文件
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caixin5120

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by petersen at 2010-12-10 10:16:58:

我还有一个办法：
把你想要的配体结构保存为pdb结构，这样你就不会有多余两个的什么的提示了，然后你把配体的坐标复制到你原来大分子pdb结构坐标的末尾，以TER隔开并以TER结尾，这样你就得到复合物的pdb结构了 ...

不知道这样行不，我用sybyl把配体提取出来后想要merge回去都是不行的，会有问题。如果你的方法可行那就太好了：）
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11楼2010-12-10 13:07:21
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by gaoqunqunl at 2010-10-17 10:19:09:
楼主，我也一直在找这个问题的答案，期待高手帮忙解决！跪谢了

我用vina做的为什么在warning显示 no molecules with dockings in viewer?
我打开docking结果时由于用analyze→docking→open autodock vina results时报错，我就直接用files→read molecules打开的对接结果，这样一来，我在用你的方法conformation→play就提示上面显示no molecules with dockings in viewer?
我的目的也是多个分子的pdbqt文件分割成单个分子的pdb文件
现在在用手动一个个删除，太麻烦了
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12楼2011-05-10 15:20:02
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xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 13:07:21:
不知道这样行不，我用sybyl把配体提取出来后想要merge回去都是不行的，会有问题。如果你的方法可行那就太好了：）

借宝地问下
我用vina做的为什么在warning显示 no molecules with dockings in viewer?
因为我打开docking结果时由于用analyze→docking→open autodock vina results时报错，我就直接用files→read molecules打开的对接结果，这样一来，我在用上面图上的方法conformation→play就提示上面显示no molecules with dockings in viewer?
我的目的也是多个分子的pdbqt文件分割成单个分子的pdb文件
现在在用手动一个个删除，太麻烦了，有什么好建议帮帮忙
谢谢
刚刚回错了
用analyze→docking→open autodock vina results时报错如下：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python25\PyMOL\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VF.py", line 735, in tryto
    result = apply( command, args, kw )
TypeError: doit() got an unexpected keyword argument 'modelsAs'
over-all best vina_energy= ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python25\PyMOL\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VF.py", line 735, in tryto
    result = apply( command, args, kw )
  File "C:\Python25\PyMOL\MGLToolsPckgs\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3083, in doit
    print "over-all best vina_energy=", m.vina_results[0][0]
UnboundLocalError: local variable 'm' referenced before assignment

[ Last edited by xppcomeon on 2011-5-10 at 15:26 ]
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13楼2011-05-10 15:21:25
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chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《分子对接问题锦集》
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故地如重游月圆更寂寞
14楼2011-09-05 19:21:06
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sky-GD

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主解决了吗？遇到相同的问题了，求指教。
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15楼2016-10-31 19:50:04
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