24小时热门版块排行榜

返回列表

当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

gql119

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 143.6
散金: 25
帖子: 72
在线: 23.6小时
虫号: 664800
注册: 2008-11-30
专业: 生物化学

[交流] 【其他】autodock 保存文件

大家好，十分感谢之前问题的共同讨论。现在我的autodock已经做到保存结构了，但在windows系统下ADT界面中用File-Save-Write PDB(或Write PDBQT）都出现对话框，提示当前界面的分子数多于一个，不能保存。请教如何在ADT中同时保存配体和受体的PDB文件，我做的十个结构能一起保存下来吗？

回复此楼

» 猜你喜欢

职称评审没过，求安慰已经有49人回复
26申博自荐已经有3人回复
A期刊撤稿已经有4人回复
垃圾破二本职称评审标准已经有17人回复
投稿Elsevier的Neoplasia杂志，到最后选publishing options时页面空白，不能完成投稿已经有22人回复
EST投稿状态问题已经有7人回复
毕业后当辅导员了，天天各种学生超烦已经有4人回复
三无产品还有机会吗已经有6人回复

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

1楼 2010-10-16 14:07:50

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

xppcomeon

捐助贵宾 (正式写手)

应助: 11 (小学生)
金币: 789.9
散金: 184
红花: 3
帖子: 834
在线: 147.7小时
虫号: 108384
注册: 2005-11-18
性别: MM
专业: 合成药物化学

引用回帖:

Originally posted by caixin5120 at 2010-12-10 13:07:21:
不知道这样行不，我用sybyl把配体提取出来后想要merge回去都是不行的，会有问题。如果你的方法可行那就太好了：）

借宝地问下
我用vina做的为什么在warning显示 no molecules with dockings in viewer?
因为我打开docking结果时由于用analyze→docking→open autodock vina results时报错，我就直接用files→read molecules打开的对接结果，这样一来，我在用上面图上的方法conformation→play就提示上面显示no molecules with dockings in viewer?
我的目的也是多个分子的pdbqt文件分割成单个分子的pdb文件
现在在用手动一个个删除，太麻烦了，有什么好建议帮帮忙

谢谢
刚刚回错了

用analyze→docking→open autodock vina results时报错如下：

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python25\PyMOL\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VF.py", line 735, in tryto
result = apply( command, args, kw )
TypeError: doit() got an unexpected keyword argument 'modelsAs'
over-all best vina_energy= ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Python25\PyMOL\MGLToolsPckgs\ViewerFramework\VF.py", line 735, in tryto
result = apply( command, args, kw )
  File "C:\Python25\PyMOL\MGLToolsPckgs\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3083, in doit
print "over-all best vina_energy=", m.vina_results[0][0]
UnboundLocalError: local variable 'm' referenced before assignment

[ Last edited by xppcomeon on 2011-5-10 at 15:26 ]