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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【其他】autodock 保存文件
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gql119

铜虫 (小有名气)

[交流] 【其他】autodock 保存文件

大家好，十分感谢之前问题的共同讨论。现在我的autodock已经做到保存结构了，但在windows系统下ADT界面中用File-Save-Write PDB(或Write PDBQT）都出现对话框，提示当前界面的分子数多于一个，不能保存。请教如何在ADT中同时保存配体和受体的PDB文件，我做的十个结构能一起保存下来吗？
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1楼2010-10-16 14:07:50
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petersen

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-12-10 10:36:13
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-12-10 15:42:03
引用回帖:
Originally posted by gaoqunqunl at 2010-11-01 09:18:45:
我这样试过了啊，可是还是没法保存呀

我还有一个办法：
把你想要的配体结构保存为pdb结构，这样你就不会有多余两个的什么的提示了，然后你把配体的坐标复制到你原来大分子pdb结构坐标的末尾，以TER隔开并以TER结尾，这样你就得到复合物的pdb结构了。注意的是如果你加入了柔性残基，那么柔性残基在对接的时候坐标是会变化的，那么在修改pdb结构的时候，你也需要把大分子的那些柔性残基的坐标也修改一下。
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2010-12-10 10:16:58
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