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junjun0711

新虫 (小有名气)

[求助] 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题

我是做药理的,由于课题需要我想用AUTODOCK虚拟筛选下中药的活性,是中药的小分子物质和蛋白靶点的对接,因为实验条件太有限,我才选了免费的AUTODOCK,自学了一个月吧,之前也没什么了解,现在有同学和我说用AUTODOCK会不准,建议不用,哪位高手能给我解答一下,小妹感激不尽。
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药物设计

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
junjun0711: 金币+8 2013-10-18 16:15:59
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋白pdb。
2、把已知的蛋白抑制剂用来做对接,研究其可能的构效关系。
................

当然,对于对接结果的分析也是很重要的,具体的可以看这个帖子:
《关于对接结果评估的问题》http://bioms.org/thread-841-1-1.html
2楼2013-10-18 15:36:14
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junjun0711

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋 ...

是这样的,我也知道无论用什么软件肯定是有误差的,可能我没说清楚吧,我是想问AUTODOCK相对DS和Sybyl相比,是不是关于我课题的那种方法会相对没那两个软件准确。
3楼2013-10-18 15:52:14
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药物设计

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【答案】应助回帖

1、首先,你有个误区:学术免费软件不如商业软件准确。

对于这点,我想说:这是完全错误的!很多商业软件都是由学术软件转变过来的,它们只是做得更简单,让用户更容易使用!比如DS中的蛋白同源模建,使用的是学术免费软件Modeller,Schrodinger中的分子动力学,则是使用的学术免费软件Desmond。

想反,对于Autodock的精度来说,从众多的文章可以看出,好于DS和sybyl的分子对接软件!

2、当然,你可以使用不同的对接软件和打分函数来评价下你的分子,“兼听则明”。
4楼2013-10-18 16:00:08
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junjun0711

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋 ...

我考虑是换软件的问题,当然不会像你说的就不做了,也没那么自由
5楼2013-10-18 16:01:51
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junjun0711

新虫 (小有名气)

内容已删除
6楼2013-10-18 16:04:43
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药物设计

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【答案】应助回帖

其实最重要的一点,你们做对接都是把计算得到的结果当规律,是否可以尝试反着来: 先预测结果,再用软件去证明?或许你会有新的收获!
7楼2013-10-18 16:13:00
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)

我autodock刚入门,请教楼主
mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
这几项都是什么意思,代表什么。尤其是"dist from best mode"是什么意思?
8楼2016-01-06 15:52:29
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