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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题
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junjun0711

新虫 (小有名气)

[求助] 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题

我是做药理的，由于课题需要我想用AUTODOCK虚拟筛选下中药的活性，是中药的小分子物质和蛋白靶点的对接，因为实验条件太有限，我才选了免费的AUTODOCK,自学了一个月吧，之前也没什么了解，现在有同学和我说用AUTODOCK会不准，建议不用，哪位高手能给我解答一下，小妹感激不尽。
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1楼2013-10-18 13:34:24
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
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junjun0711: 金币+8 2013-10-18 16:15:59
小妹，“会不准”这个是必然的：）不能因为会不准，你就不去做了！因为科学研究本来就“会不准”，是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候，为了提高准确率应该提前做一些工作：
1、了解蛋白结构，选择合适的蛋白pdb。
2、把已知的蛋白抑制剂用来做对接，研究其可能的构效关系。
................

当然，对于对接结果的分析也是很重要的，具体的可以看这个帖子：
《关于对接结果评估的问题》http://bioms.org/thread-841-1-1.html
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2楼2013-10-18 15:36:14
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junjun0711

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹，“会不准”这个是必然的：）不能因为会不准，你就不去做了！因为科学研究本来就“会不准”，是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候，为了提高准确率应该提前做一些工作：
1、了解蛋白结构，选择合适的蛋 ...

是这样的，我也知道无论用什么软件肯定是有误差的，可能我没说清楚吧，我是想问AUTODOCK相对DS和Sybyl相比，是不是关于我课题的那种方法会相对没那两个软件准确。
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3楼2013-10-18 15:52:14
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

1、首先，你有个误区：学术免费软件不如商业软件准确。

对于这点，我想说：这是完全错误的！很多商业软件都是由学术软件转变过来的，它们只是做得更简单，让用户更容易使用！比如DS中的蛋白同源模建，使用的是学术免费软件Modeller，Schrodinger中的分子动力学，则是使用的学术免费软件Desmond。

想反，对于Autodock的精度来说，从众多的文章可以看出，好于DS和sybyl的分子对接软件！

2、当然，你可以使用不同的对接软件和打分函数来评价下你的分子，“兼听则明”。
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4楼2013-10-18 16:00:08
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junjun0711

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹，“会不准”这个是必然的：）不能因为会不准，你就不去做了！因为科学研究本来就“会不准”，是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候，为了提高准确率应该提前做一些工作：
1、了解蛋白结构，选择合适的蛋 ...

我考虑是换软件的问题，当然不会像你说的就不做了，也没那么自由
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5楼2013-10-18 16:01:51
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junjun0711

新虫 (小有名气)
内容已删除
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6楼2013-10-18 16:04:43
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药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

其实最重要的一点，你们做对接都是把计算得到的结果当规律，是否可以尝试反着来： 先预测结果，再用软件去证明？或许你会有新的收获！
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7楼2013-10-18 16:13:00
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悠然南子

铁虫 (初入文坛)
我autodock刚入门，请教楼主
mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
这几项都是什么意思，代表什么。尤其是"dist from best mode"是什么意思？
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8楼2016-01-06 15:52:29
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