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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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keke1987

新虫 (小有名气)

[求助] 有关Autodock结果分析中结合自由能的问题

我用Autodock 软件自动对接环糊精与药物,分析其相互作用的。我想问分析结果时各构型量中的Bining Energy 是否就是delta G,可以推断平衡常数。如果是的话,我实验当中所得环糊精A与环糊精B的平衡常数结果对比是A大于B,而理论对接却得到相反的结果,是否意味着我实验部分出错,要重新试验呢?
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

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chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-29 16:41:28
keke1987: 金币+3, 有帮助, 给了点方向 2012-10-05 08:35:29
在目前的情况下,我觉得应该怀疑的是你的对接结果,比如底物的构象是否合理,是否可以采用半柔性对接能方式~
2楼2012-09-29 15:27:32
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)


【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-02 14:44:13
keke1987: 金币+1, 有帮助, 谢谢回复 2012-10-05 08:35:54
以实验结果为主,模拟为辅的策略
3楼2012-10-02 10:50:41
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keke1987

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-09-29 15:27:32
在目前的情况下,我觉得应该怀疑的是你的对接结果,比如底物的构象是否合理,是否可以采用半柔性对接能方式~

我现在采用的就是半柔性对接的方式。底物构象都是经过同样条件的优化。有没有推荐其他的模拟方式进行计算呢?比如动力学模拟,包合物一般采用什么软件进行动力学模拟比较好?
4楼2012-10-05 08:39:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

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keke1987: 金币+6, 有帮助, 谢谢! 2012-10-06 13:17:35
引用回帖:
4楼: Originally posted by keke1987 at 2012-10-05 08:39:19
我现在采用的就是半柔性对接的方式。底物构象都是经过同样条件的优化。有没有推荐其他的模拟方式进行计算呢?比如动力学模拟,包合物一般采用什么软件进行动力学模拟比较好?...

要是算结合能用MD软件的话,比较合适的应该是AMBER,因为其可以用比较简便的方式,MMPBSA/MMGBSA获得比较准确的结合能,但是我不太清楚环糊精体系是否可以用AMBER计算,你可以以AMBER和环糊精为关键词在google里搜索是否有相关的文献
5楼2012-10-05 10:53:55
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keke1987

新虫 (小有名气)

内容已删除
6楼2012-10-06 13:18:14
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

内容已删除
7楼2012-10-06 13:43:57
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