应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 有关Autodock结果分析中结合自由能的问题
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
71/1返回列表
查看: 2106  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

keke1987

新虫 (小有名气)

[求助] 有关Autodock结果分析中结合自由能的问题

我用Autodock 软件自动对接环糊精与药物，分析其相互作用的。我想问分析结果时各构型量中的Bining Energy 是否就是delta G，可以推断平衡常数。如果是的话，我实验当中所得环糊精A与环糊精B的平衡常数结果对比是A大于B，而理论对接却得到相反的结果，是否意味着我实验部分出错，要重新试验呢？
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2012-09-29 11:15:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-29 16:41:28
keke1987: 金币+3, ★有帮助, 给了点方向 2012-10-05 08:35:29
在目前的情况下，我觉得应该怀疑的是你的对接结果，比如底物的构象是否合理，是否可以采用半柔性对接能方式~
赞一下 回复此楼
2楼2012-09-29 15:27:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-02 14:44:13
keke1987: 金币+1, ★有帮助, 谢谢回复 2012-10-05 08:35:54
以实验结果为主，模拟为辅的策略
赞一下 回复此楼
3楼2012-10-02 10:50:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keke1987

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-09-29 15:27:32
在目前的情况下，我觉得应该怀疑的是你的对接结果，比如底物的构象是否合理，是否可以采用半柔性对接能方式~

我现在采用的就是半柔性对接的方式。底物构象都是经过同样条件的优化。有没有推荐其他的模拟方式进行计算呢？比如动力学模拟，包合物一般采用什么软件进行动力学模拟比较好？
赞一下 回复此楼
4楼2012-10-05 08:39:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
keke1987: 金币+6, ★有帮助, 谢谢！ 2012-10-06 13:17:35
引用回帖:
4楼: Originally posted by keke1987 at 2012-10-05 08:39:19
我现在采用的就是半柔性对接的方式。底物构象都是经过同样条件的优化。有没有推荐其他的模拟方式进行计算呢？比如动力学模拟，包合物一般采用什么软件进行动力学模拟比较好？...

要是算结合能用MD软件的话，比较合适的应该是AMBER,因为其可以用比较简便的方式，MMPBSA/MMGBSA获得比较准确的结合能，但是我不太清楚环糊精体系是否可以用AMBER计算，你可以以AMBER和环糊精为关键词在google里搜索是否有相关的文献
赞一下 回复此楼
5楼2012-10-05 10:53:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

keke1987

新虫 (小有名气)
内容已删除
回复此楼
6楼2012-10-06 13:18:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
内容已删除
回复此楼
7楼2012-10-06 13:43:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 keke1987 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 26自然地理学303分求调剂 +4 一战成硕啊啊啊� 2026-04-06 9/450 2026-04-06 20:35 by lin-da
[考研] 一志愿吉大化学327求调剂 +4 王王白石 2026-04-06 5/250 2026-04-06 20:07 by 尚水阁主
[考研] 0703调剂，一志愿天津大学319分 +16 haaaabcd 2026-04-05 17/850 2026-04-06 19:25 by 尚水阁主
[考研] 求助071001调剂！！！ +4 黄守松 2026-04-05 5/250 2026-04-06 10:55 by 1028907439
[考研] 一志愿南昌大学，085600，344分求调剂 +9 调剂上岸玘 2026-04-05 10/500 2026-04-06 09:30 by dongzh2009
[考研] 0703求调剂383分 +9 W55j 2026-04-03 9/450 2026-04-06 06:50 by houyaoxu
[考研] 282求调剂 +3 aaa车辆 2026-04-01 3/150 2026-04-05 17:03 by yulian1987
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358求调剂 +6 cs0106 2026-04-05 6/300 2026-04-05 16:34 by imissbao
[考研] 283求调剂 +4 mcbbc 2026-04-03 5/250 2026-04-04 20:51 by imissbao
[考研] 286求调剂 +8 lim0922 2026-04-02 8/400 2026-04-03 20:19 by rzh123456
[考研] 建环，能源，土木老师路过看一看！！！ +5 嘿嘿uu 2026-04-01 5/250 2026-04-03 11:47 by znian
[考研] 土木水利328分求调剂 +6 疾风知劲草666 2026-04-02 6/300 2026-04-03 11:38 by znian
[考研] 285求调剂 +7 AZMK 2026-04-02 9/450 2026-04-03 11:12 by wanwan00
[考研] 交通运输考试264分求工科调剂 +4 jike777 2026-04-02 4/200 2026-04-02 21:53 by zllcz
[考研] 310分求调剂 +4 成功上岸wang 2026-04-01 4/200 2026-04-01 20:35 by liu823948201
[考研] 0817化工学硕调剂 +11 努力上岸中！ 2026-03-31 11/550 2026-04-01 20:30 by 赖春艳
[硕博家园] 博一被送出联培感觉不适应怎么办 +3 全村的狗 2026-03-31 3/150 2026-04-01 10:44 by 328838485
[考研] 求调剂，一志愿北林食品与营养095500，301分，已过六级，有科研经历 +4 快乐储蓄罐 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
[考研] 一志愿北京科技大学085601材料工程英一数二初试总分335求调剂 +5 双马尾痞老板2 2026-03-31 5/250 2026-04-01 09:04 by oooqiao
[考研] 福建理工大学材料学院先进合金团队招收考研调剂学生 +3 大华金商都 2026-03-30 4/200 2026-03-31 01:04 by 方英俊602
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭