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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 有关Autodock结果分析中结合自由能的问题
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keke1987

新虫 (小有名气)

[求助] 有关Autodock结果分析中结合自由能的问题

我用Autodock 软件自动对接环糊精与药物，分析其相互作用的。我想问分析结果时各构型量中的Bining Energy 是否就是delta G，可以推断平衡常数。如果是的话，我实验当中所得环糊精A与环糊精B的平衡常数结果对比是A大于B，而理论对接却得到相反的结果，是否意味着我实验部分出错，要重新试验呢？
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1楼 2012-09-29 11:15:59
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-09-29 16:41:28
keke1987: 金币+3, ★有帮助, 给了点方向 2012-10-05 08:35:29
在目前的情况下，我觉得应该怀疑的是你的对接结果，比如底物的构象是否合理，是否可以采用半柔性对接能方式~
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2楼2012-09-29 15:27:32
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longdlut

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2012-10-02 14:44:13
keke1987: 金币+1, ★有帮助, 谢谢回复 2012-10-05 08:35:54
以实验结果为主，模拟为辅的策略
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3楼2012-10-02 10:50:41
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keke1987

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zh1987hs at 2012-09-29 15:27:32
在目前的情况下，我觉得应该怀疑的是你的对接结果，比如底物的构象是否合理，是否可以采用半柔性对接能方式~

我现在采用的就是半柔性对接的方式。底物构象都是经过同样条件的优化。有没有推荐其他的模拟方式进行计算呢？比如动力学模拟，包合物一般采用什么软件进行动力学模拟比较好？
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4楼2012-10-05 08:39:19
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
keke1987: 金币+6, ★有帮助, 谢谢！ 2012-10-06 13:17:35
引用回帖:
4楼: Originally posted by keke1987 at 2012-10-05 08:39:19
我现在采用的就是半柔性对接的方式。底物构象都是经过同样条件的优化。有没有推荐其他的模拟方式进行计算呢？比如动力学模拟，包合物一般采用什么软件进行动力学模拟比较好？...

要是算结合能用MD软件的话，比较合适的应该是AMBER,因为其可以用比较简便的方式，MMPBSA/MMGBSA获得比较准确的结合能，但是我不太清楚环糊精体系是否可以用AMBER计算，你可以以AMBER和环糊精为关键词在google里搜索是否有相关的文献
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5楼2012-10-05 10:53:55
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keke1987

新虫 (小有名气)
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6楼2012-10-06 13:18:14
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zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
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7楼2012-10-06 13:43:57
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