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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)


[交流] 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题?

我在sybyl以及处理好受体,但是转换时总会出现

error:cannot create the pdbqt file,all atoms do not have an autodock_element field

另外,我在www.pdb.org下载的ER受体pdb格式里面是否都相应有一个配体,我看了论坛里面一些资料,好像都有这个配体,那个在准备对接中是否也要删除。
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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)


没人知道吗
2楼2010-11-30 17:28:16
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caixin5120

木虫 (正式写手)



堕凡尘(金币+1):谢谢参与
在使用ADT的时候 把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型就不会报错了!
3楼2010-12-10 00:46:01
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cxl墙头草

新虫 (初入文坛)



堕凡尘(金币+1): 谢谢参与
希望知道具体的“把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型”的操作步骤。谢谢您的帮助,非常感谢,困惑了我一个月了
4楼2012-06-14 22:51:22
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archiehcd

铜虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也想问这个问题的,一直解决不了

[ Last edited by archiehcd on 2012-6-15 at 19:42 ]
5楼2012-06-15 19:40:55
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xuxm03

金虫 (小有名气)


just babel
6楼2012-06-16 00:06:33
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demitrii

禁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

7楼2012-06-21 09:27:45
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lao7

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
说话说一半,还不如不回答,如何转换?
8楼2014-06-24 19:39:57
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13581286695

铜虫 (小有名气)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
1.你在SYBYL里处理好的蛋白,并不能直接在Autodock中对接使用。在Autodock中蛋白需要重新处理一下,pdbqt的意思是带坐标的形式。也就是说,你按照教程,蛋白处理过后保存为pdbqt就可以。
2.配体的话,有的结晶蛋白里有原始配体,你可以在sybyl中先提取出来,也可以在Autodock中删除。当然也有没有配体的蛋白,这就需要你自己在打盒子的时候找好活性口袋。
我也是自己按照教程做出来的。相互学习
9楼2014-06-25 10:56:33
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lao7

金虫 (正式写手)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
加氢,除水,加电子之后,输出,是在下面一行输出,不是在第一行文件那里另存为。
10楼2014-07-01 23:40:46
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