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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？
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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？

我在sybyl以及处理好受体，但是转换时总会出现

error:cannot create the pdbqt file,all atoms do not have an autodock_element field

另外，我在www.pdb.org下载的ER受体pdb格式里面是否都相应有一个配体，我看了论坛里面一些资料，好像都有这个配体，那个在准备对接中是否也要删除。
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1楼 2010-11-28 14:20:37
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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)
没人知道吗
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2楼2010-11-30 17:28:16
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caixin5120

木虫 (正式写手)
★
堕凡尘(金币+1):谢谢参与
在使用ADT的时候 把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型就不会报错了！
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3楼2010-12-10 00:46:01
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cxl墙头草

新虫 (初入文坛)
★
堕凡尘(金币+1): 谢谢参与
希望知道具体的“把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型”的操作步骤。谢谢您的帮助，非常感谢，困惑了我一个月了
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4楼2012-06-14 22:51:22
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archiehcd

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
我也想问这个问题的，一直解决不了

[ Last edited by archiehcd on 2012-6-15 at 19:42 ]
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5楼2012-06-15 19:40:55
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xuxm03

金虫 (小有名气)
just babel
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6楼2012-06-16 00:06:33
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demitrii

禁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
本帖内容被屏蔽
7楼2012-06-21 09:27:45
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lao7

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
说话说一半，还不如不回答，如何转换？
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8楼2014-06-24 19:39:57
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13581286695

铜虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
1.你在SYBYL里处理好的蛋白，并不能直接在Autodock中对接使用。在Autodock中蛋白需要重新处理一下，pdbqt的意思是带坐标的形式。也就是说，你按照教程，蛋白处理过后保存为pdbqt就可以。
2.配体的话，有的结晶蛋白里有原始配体，你可以在sybyl中先提取出来，也可以在Autodock中删除。当然也有没有配体的蛋白，这就需要你自己在打盒子的时候找好活性口袋。
我也是自己按照教程做出来的。相互学习
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9楼2014-06-25 10:56:33
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lao7

金虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
加氢，除水，加电子之后，输出，是在下面一行输出，不是在第一行文件那里另存为。
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10楼2014-07-01 23:40:46
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