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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)


[交流] 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题?

我在sybyl以及处理好受体,但是转换时总会出现

error:cannot create the pdbqt file,all atoms do not have an autodock_element field

另外,我在www.pdb.org下载的ER受体pdb格式里面是否都相应有一个配体,我看了论坛里面一些资料,好像都有这个配体,那个在准备对接中是否也要删除。
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caixin5120

木虫 (正式写手)



堕凡尘(金币+1):谢谢参与
在使用ADT的时候 把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型就不会报错了!
3楼2010-12-10 00:46:01
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查看全部 10 个回答

cxl墙头草

新虫 (初入文坛)



堕凡尘(金币+1): 谢谢参与
希望知道具体的“把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型”的操作步骤。谢谢您的帮助,非常感谢,困惑了我一个月了
4楼2012-06-14 22:51:22
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archiehcd

铜虫 (初入文坛)



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
我也想问这个问题的,一直解决不了

[ Last edited by archiehcd on 2012-6-15 at 19:42 ]
5楼2012-06-15 19:40:55
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demitrii

禁虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
本帖内容被屏蔽

7楼2012-06-21 09:27:45
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