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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】autodock中PDB转pdbqt格式问题？

我在sybyl以及处理好受体，但是转换时总会出现

error:cannot create the pdbqt file,all atoms do not have an autodock_element field

另外，我在www.pdb.org下载的ER受体pdb格式里面是否都相应有一个配体，我看了论坛里面一些资料，好像都有这个配体，那个在准备对接中是否也要删除。

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1楼2010-11-28 14:20:37

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堕凡尘

铜虫 (初入文坛)

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没人知道吗

2楼2010-11-30 17:28:16

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caixin5120

木虫 (正式写手)

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★
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在使用ADT的时候把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型就不会报错了！

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3楼2010-12-10 00:46:01

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cxl墙头草

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★
堕凡尘(金币+1): 谢谢参与

希望知道具体的“把所有原子类型转换为 Autdock4的原子类型”的操作步骤。谢谢您的帮助，非常感谢，困惑了我一个月了

4楼2012-06-14 22:51:22

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archiehcd

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我也想问这个问题的，一直解决不了

[ Last edited by archiehcd on 2012-6-15 at 19:42 ]

5楼2012-06-15 19:40:55

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xuxm03

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just babel

6楼2012-06-16 00:06:33

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demitrii

禁虫 (初入文坛)

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本帖内容被屏蔽

7楼2012-06-21 09:27:45

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lao7

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说话说一半，还不如不回答，如何转换？

8楼2014-06-24 19:39:57

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13581286695

铜虫 (小有名气)

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1.你在SYBYL里处理好的蛋白，并不能直接在Autodock中对接使用。在Autodock中蛋白需要重新处理一下，pdbqt的意思是带坐标的形式。也就是说，你按照教程，蛋白

处理过后保存为pdbqt就可以。
2.配体的话，有的结晶蛋白里有原始配体，你可以在sybyl中先提取出来，也可以在Autodock中删除。当然也有没有配体的蛋白，这就需要你自己在打盒子的时候找好活性口袋。
我也是自己按照教程做出来的。相互学习

9楼2014-06-25 10:56:33

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lao7

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加氢，除水，加电子之后，输出，是在下面一行输出，不是在第一行文件那里另存为。

10楼2014-07-01 23:40:46

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