24小时热门版块排行榜    

查看: 2154  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

[求助] 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题

我是做药理的,由于课题需要我想用AUTODOCK虚拟筛选下中药的活性,是中药的小分子物质和蛋白靶点的对接,因为实验条件太有限,我才选了免费的AUTODOCK,自学了一个月吧,之前也没什么了解,现在有同学和我说用AUTODOCK会不准,建议不用,哪位高手能给我解答一下,小妹感激不尽。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

1、首先,你有个误区:学术免费软件不如商业软件准确。

对于这点,我想说:这是完全错误的!很多商业软件都是由学术软件转变过来的,它们只是做得更简单,让用户更容易使用!比如DS中的蛋白同源模建,使用的是学术免费软件Modeller,Schrodinger中的分子动力学,则是使用的学术免费软件Desmond。

想反,对于Autodock的精度来说,从众多的文章可以看出,好于DS和sybyl的分子对接软件!

2、当然,你可以使用不同的对接软件和打分函数来评价下你的分子,“兼听则明”。
4楼2013-10-18 16:00:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
junjun0711: 金币+8 2013-10-18 16:15:59
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋白pdb。
2、把已知的蛋白抑制剂用来做对接,研究其可能的构效关系。
................

当然,对于对接结果的分析也是很重要的,具体的可以看这个帖子:
《关于对接结果评估的问题》http://bioms.org/thread-841-1-1.html
2楼2013-10-18 15:36:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋 ...

是这样的,我也知道无论用什么软件肯定是有误差的,可能我没说清楚吧,我是想问AUTODOCK相对DS和Sybyl相比,是不是关于我课题的那种方法会相对没那两个软件准确。
3楼2013-10-18 15:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋 ...

我考虑是换软件的问题,当然不会像你说的就不做了,也没那么自由
5楼2013-10-18 16:01:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿中海洋材料工程专硕330分求调剂 +7 小材化本科 2026-03-18 7/350 2026-03-19 10:46 by Linda Hu
[考研] 能源材料化学课题组招收硕士研究生8-10名 +4 脱颖而出 2026-03-16 11/550 2026-03-19 08:11 by 脱颖而出
[考研] 0703化学调剂 +8 妮妮ninicgb 2026-03-15 12/600 2026-03-19 05:55 by anny19840123
[考研] 085600材料与化工 +5 安全上岸! 2026-03-16 5/250 2026-03-18 15:33 by cmz0325
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +5 梨花珞晚风 2026-03-17 5/250 2026-03-18 14:49 by haxia
[考研] 297求调剂 +8 戏精丹丹丹 2026-03-17 8/400 2026-03-18 14:30 by laoshidan
[考研] 307求调剂 +3 冷笙123 2026-03-17 3/150 2026-03-18 09:55 by macy2011
[考研] 0703化学336分求调剂 +6 zbzihdhd 2026-03-15 7/350 2026-03-18 09:53 by zhukairuo
[考研] 326求调剂 +5 上岸的小葡 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:26 by ruiyingmiao
[考研] 考研化学学硕调剂,一志愿985 +4 张vvvv 2026-03-15 6/300 2026-03-17 17:15 by ruiyingmiao
[考研] 332求调剂 +6 Zz版 2026-03-13 6/300 2026-03-17 17:03 by ruiyingmiao
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 11408 一志愿西电,277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 085600材料与化工 求调剂 +13 enenenhui 2026-03-13 14/700 2026-03-16 15:19 by 了了了了。。
[考研] 327求调剂 +6 拾光任染 2026-03-15 11/550 2026-03-15 22:47 by 拾光任染
[考研] 本科南京大学一志愿川大药学327 +3 麦田耕者 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:04 by 外星文明
[考研] 330求调剂 +3 ?酱给调剂跪了 2026-03-13 3/150 2026-03-14 10:13 by JourneyLucky
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考博] 福州大学杨黄浩课题组招收2026年专业学位博士研究生,2026.03.20截止 +3 Xiangyu_ou 2026-03-12 3/150 2026-03-13 09:36 by duanwu655
信息提示
请填处理意见