应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题
81/1返回列表
查看: 2152  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

junjun0711

新虫 (小有名气)

[求助] 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题

我是做药理的，由于课题需要我想用AUTODOCK虚拟筛选下中药的活性，是中药的小分子物质和蛋白靶点的对接，因为实验条件太有限，我才选了免费的AUTODOCK,自学了一个月吧，之前也没什么了解，现在有同学和我说用AUTODOCK会不准，建议不用，哪位高手能给我解答一下，小妹感激不尽。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-10-18 13:34:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
junjun0711: 金币+8 2013-10-18 16:15:59
小妹，“会不准”这个是必然的：）不能因为会不准，你就不去做了！因为科学研究本来就“会不准”，是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候，为了提高准确率应该提前做一些工作：
1、了解蛋白结构，选择合适的蛋白pdb。
2、把已知的蛋白抑制剂用来做对接，研究其可能的构效关系。
................

当然，对于对接结果的分析也是很重要的，具体的可以看这个帖子：
《关于对接结果评估的问题》http://bioms.org/thread-841-1-1.html
赞一下 回复此楼
2楼2013-10-18 15:36:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹，“会不准”这个是必然的：）不能因为会不准，你就不去做了！因为科学研究本来就“会不准”，是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候，为了提高准确率应该提前做一些工作：
1、了解蛋白结构，选择合适的蛋 ...

是这样的，我也知道无论用什么软件肯定是有误差的，可能我没说清楚吧，我是想问AUTODOCK相对DS和Sybyl相比，是不是关于我课题的那种方法会相对没那两个软件准确。
赞一下 回复此楼
3楼2013-10-18 15:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

1、首先，你有个误区：学术免费软件不如商业软件准确。

对于这点，我想说：这是完全错误的！很多商业软件都是由学术软件转变过来的，它们只是做得更简单，让用户更容易使用！比如DS中的蛋白同源模建，使用的是学术免费软件Modeller，Schrodinger中的分子动力学，则是使用的学术免费软件Desmond。

想反，对于Autodock的精度来说，从众多的文章可以看出，好于DS和sybyl的分子对接软件！

2、当然，你可以使用不同的对接软件和打分函数来评价下你的分子，“兼听则明”。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2013-10-18 16:00:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹，“会不准”这个是必然的：）不能因为会不准，你就不去做了！因为科学研究本来就“会不准”，是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候，为了提高准确率应该提前做一些工作：
1、了解蛋白结构，选择合适的蛋 ...

我考虑是换软件的问题，当然不会像你说的就不做了，也没那么自由
赞一下 回复此楼
5楼2013-10-18 16:01:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)
内容已删除
回复此楼
6楼2013-10-18 16:04:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org

【答案】应助回帖

其实最重要的一点，你们做对接都是把计算得到的结果当规律，是否可以尝试反着来： 先预测结果，再用软件去证明？或许你会有新的收获！
赞一下 回复此楼
7楼2013-10-18 16:13:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

悠然南子

铁虫 (初入文坛)
我autodock刚入门，请教楼主
mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
这几项都是什么意思，代表什么。尤其是"dist from best mode"是什么意思？
赞一下 回复此楼
8楼2016-01-06 15:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 junjun0711 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 本科郑州大学物理学院，一志愿华科070200学硕，346求调剂 +4 我不是一根葱 2026-03-18 4/200 2026-03-19 09:11 by 浮云166
[基金申请] 国自科面上基金字体 +7 iwuli 2026-03-12 8/400 2026-03-19 08:55 by sjtu2012
[考研] 0703化学调剂 +8 妮妮ninicgb 2026-03-15 12/600 2026-03-19 05:55 by anny19840123
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 化学工程321分求调剂 +15 大米饭！ 2026-03-15 18/900 2026-03-18 14:52 by haxia
[考研] 材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐 +8 Ncdx123456 2026-03-13 9/450 2026-03-18 14:40 by haxia
[考研] 331求调剂（0703有机化学 +7 ZY-05 2026-03-13 8/400 2026-03-18 14:13 by 007_lilei
[考研] 0703化学求调剂 总分331 +3 ZY-05 2026-03-13 3/150 2026-03-18 10:58 by macy2011
[考研] 材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦 +3 Eember. 2026-03-17 9/450 2026-03-18 10:28 by Eember.
[考研] 生物学071000 329分求调剂 +3 我爱生物生物爱� 2026-03-17 3/150 2026-03-18 10:12 by macy2011
[考研] 268求调剂 +6 简单点0 2026-03-17 6/300 2026-03-18 09:04 by 无际的草原
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 318求调剂 +3 Yanyali 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:41 by houyaoxu
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 308 085701 四六级已过求调剂 +7 温乔乔乔乔 2026-03-12 14/700 2026-03-14 10:49 by JourneyLucky
[考研] 材料工程调剂 +9 咪咪空空 2026-03-12 9/450 2026-03-13 22:05 by 星空星月
[考研] ［0860］321分求调剂，ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 土木第一志愿276求调剂，科研和技能十分丰富，求新兴方向的导师收留 +3 土木小天才 2026-03-12 3/150 2026-03-13 15:01 by JourneyLucky
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭