24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2170  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

[求助] 请教关于AUTODOCK做虚i拟筛选的问题

我是做药理的,由于课题需要我想用AUTODOCK虚拟筛选下中药的活性,是中药的小分子物质和蛋白靶点的对接,因为实验条件太有限,我才选了免费的AUTODOCK,自学了一个月吧,之前也没什么了解,现在有同学和我说用AUTODOCK会不准,建议不用,哪位高手能给我解答一下,小妹感激不尽。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

悠然南子

铁虫 (初入文坛)

我autodock刚入门,请教楼主
mode |   affinity | dist from best mode
         | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b.
这几项都是什么意思,代表什么。尤其是"dist from best mode"是什么意思?
8楼2016-01-06 15:52:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
junjun0711: 金币+8 2013-10-18 16:15:59
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋白pdb。
2、把已知的蛋白抑制剂用来做对接,研究其可能的构效关系。
................

当然,对于对接结果的分析也是很重要的,具体的可以看这个帖子:
《关于对接结果评估的问题》http://bioms.org/thread-841-1-1.html
2楼2013-10-18 15:36:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

junjun0711

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 药物设计 at 2013-10-18 15:36:14
小妹,“会不准”这个是必然的:)不能因为会不准,你就不去做了!因为科学研究本来就“会不准”,是允许失败和错误产生的。
在做对接的时候,为了提高准确率应该提前做一些工作:
1、了解蛋白结构,选择合适的蛋 ...

是这样的,我也知道无论用什么软件肯定是有误差的,可能我没说清楚吧,我是想问AUTODOCK相对DS和Sybyl相比,是不是关于我课题的那种方法会相对没那两个软件准确。
3楼2013-10-18 15:52:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

药物设计

捐助贵宾 (小有名气)

BioMS.org


【答案】应助回帖

1、首先,你有个误区:学术免费软件不如商业软件准确。

对于这点,我想说:这是完全错误的!很多商业软件都是由学术软件转变过来的,它们只是做得更简单,让用户更容易使用!比如DS中的蛋白同源模建,使用的是学术免费软件Modeller,Schrodinger中的分子动力学,则是使用的学术免费软件Desmond。

想反,对于Autodock的精度来说,从众多的文章可以看出,好于DS和sybyl的分子对接软件!

2、当然,你可以使用不同的对接软件和打分函数来评价下你的分子,“兼听则明”。
4楼2013-10-18 16:00:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利|求调剂 +4 Micky11223 2026-03-25 4/200 2026-03-28 12:08 by 唐沐儿
[考研] 291求调剂 +15 hhhhxn.. 2026-03-23 21/1050 2026-03-28 11:26 by self2008
[考研] 【求调剂】085601材料工程专硕 | 总分272 | +6 脚滑的守法公民 2026-03-27 6/300 2026-03-28 11:02 by gjlllb
[考研] 0856,材料与化工321分求调剂 +12 大馋小子 2026-03-27 13/650 2026-03-28 10:56 by self2008
[考研] 085405 考的11408求各位老师带走 +3 Qiu学ing 2026-03-28 3/150 2026-03-28 09:19 by 乐呵呵的追梦人
[考研] 328求调剂 +7 嗯滴的基本都 2026-03-27 7/350 2026-03-28 04:19 by fmesaito
[考研] 085701环境工程求调剂 +9 多久上课 2026-03-27 9/450 2026-03-28 03:58 by fmesaito
[考研] 295材料工程专硕求调剂 +6 1428151015 2026-03-27 6/300 2026-03-28 03:51 by fmesaito
[考研] 352分 化工与材料 +5 海纳百川Ly 2026-03-27 5/250 2026-03-28 03:39 by fmesaito
[考研] 07化学280分求调剂 +10 722865 2026-03-23 10/500 2026-03-27 15:51 by Plutoqq
[考研] 调剂推荐 +5 清酒714 2026-03-26 6/300 2026-03-27 11:12 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿吉大071010,316分求调剂 +3 xgbiknn 2026-03-27 3/150 2026-03-27 10:36 by guoweigw
[考研] 316求调剂 +5 江辞666 2026-03-26 5/250 2026-03-27 08:08 by hypershenger
[考研] 一志愿郑州大学,080500学硕,总分317分求调剂 +4 举个栗子oi 2026-03-24 5/250 2026-03-26 23:15 by 不吃魚的貓
[考研] 一志愿北化求调剂 +3 Jsman 2026-03-22 3/150 2026-03-26 21:06 by ajpv风雷
[考研] 材料考研求调剂 +3 Dendel 2026-03-23 6/300 2026-03-26 17:51 by fmesaito
[考研] 化学调剂一志愿上海交通大学336分-本科上海211 +4 小鱼爱有机 2026-03-25 4/200 2026-03-26 10:19 by aa331100
[考研] 上海电力大学材料防护与新材料重点实验室招收调剂研究生(材料、化学、电化学,环境) +4 我爱学电池 2026-03-23 4/200 2026-03-25 00:59 by 1027_324
[考研] 315分,诚求调剂,材料与化工085600 +3 13756423260 2026-03-22 3/150 2026-03-22 20:11 by edmund7
[考研] 275求调剂 +6 shansx 2026-03-22 8/400 2026-03-22 15:27 by barlinike
信息提示
请填处理意见